[Genetics] VL: GCG will be removed from CSC!
Jouni Aspi
jouni.aspi@oulu.fi
Tue, 10 Dec 2002 15:58:33 +0200
>Aihe: GCG will be removed from CSC!
>
>
>
>Same message is in English after the Finnish text.
>
>Hyvä GCG ohjelmiston käyttäjä
>
>GCG on poistumassa CSC:n ohjelmistovalikoimasta. Neuvottelut ohjelmiston
>myyjän kanssa ovat yhä kesken, mutta on mahdollista, että ohjelmiston
>käyttö lakkaa jo vuoden 2003 alusta!
>
>GCG-sekvenssianalyysiohjelmisto on ollut eräs CSC:n eniten käytetyistä
>ohjelmistoista. GCG-paketin kehitys on kuitenkin viimeisten vuosien
>aikana käytännössä pysähtynyt, kun taas akateemista EMBOSS ohjelmistoa
>(European Molecular Biology Open Software Suite) on kehitetty
>aktiivisesti. Nykyisellään EMBOSS kattaa lähes kaikki GCG-ohjelmiston
>toiminnot ja sisältää lisäksi useita toimintoja ja analyysimenetelmiä,
>joita GCG:ssä ei ole. EMBOSS pystyy käsittelemään sekvenssidataa
>useissa eri formaateissa, joten se soveltuu hyvin yhteen muiden CSC:llä
>käytettävien sekvenssianalyysiohjelmien kanssa (esim. Clustal ja Phylip
>ohjelmistot). Akateemiseen EMBOSS-ohjelmaan ei liity käyttöä rajoittavia
>lisenssiehtoja, joten tutkijat voivat käyttää sitä yhtä hyvin CSC:n
>palvelimilla kuin omalla koneellakin.
>
>
>Miten siirryn GCG:stä EMBOSS-käyttäjäksi?
>
>1. SeqWeb käyttäjät.
>
>CSC:n kehittämässä Tutkijan käyttöliittymä -nimisessä www-palvelussa on
>laaja valikoima sekvensstyökaluja (mm. yli 120 EMBOSS ohjelmaa), jotka
>tarjoavat SeqWeb-käyttöliittymää laajemman ohjelmistovalikoiman. Tutkijan
>käyttöliittymän sekvenssianalyysiohjelmat löytyvät osoitteesta:
>
>https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.fi
>
>(Huomaa että Tutkijan käyttöliittymän salasana on sama kuin Cedarin
>salasanaa. Ei siis SeqWebin käyttämä verkkosalasana)
>
>SeqWebin poistamisen yhteydessä siirrämme käyttäjän SeqWeb-hakemistosssa
>olevat tiedostot hänen kotihakemistoonsa. Tämän jälkeen tiedostoja voidaan
>käyttää sekä Tutkijan käyttöliittymän että EMBOSS:in komentoriviversion
>avulla.
>
>2. Komentorivikäyttö
>
>Useille GCG:n komentorivikäyttäjille EMBOSS:iin siirtyminen ei tuota
>juurikaan ylimääräistä työtä. EMBOSS pystyy lukemaan gcg- ja msf
>muotoisia sekvenssitiedostoja ja ohjelmien käyttö muistuttaa paljolti
>GCG:n käyttöä. Ongelmia saattaa kuitenkin esiintyä esimerkiksi GCG:n
>Fragment Assembly-ohjelmien (mm. gelenter ja gelassemble) kohdalla,
>koska kaikki tulostiedostot eivät aina ole muutettavissa sopiviin
>formaatteihin.
>
>EMBOSS alustetaan komennolla Cedarissa komennolla:
> use emboss
>
>Lisätietoa EMBOSS:in komentorivikäytöstä löytyy sivulta:
>http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html
>
>3. SeqLab
>
>Ainut GCG:n käyttötapa, johon EMBOSS ei tällä hetkellä tarjoa aivan
>yhtä hyvää vastiketta, on X-yhteyksien kautta käytettävä
>SeqLab-käyttöliittymä. SeqLabin käyttämät työlistat ja .rsf
>-tiedostot eivät suoraan käy EMBOSSiin, vaan ne pitää muuttaa
>msf-muotoisiksi tiedostoiksi SeqLabin File/Export-komennolla.
>SeqLab-käyttäjien kannattaa siis käydä läpi kotihakemistossaan olevat
>tiedostot ja tehdä tarvittavat muutokset.
>
>
>Entä BLAST?
>
>EMBOSS ei sisällä BLAST tai FASTA-ohjelmistoja. BLAST- ja muita
>samankaltaisuushakuja varten CSC:llä on käytössä uusi Gepardi-palvelin,
>jolla hakujen tekeminen on GCG:hen verrattuna sekä helpompaa että
>nopeampaa. (Katso: https://gepardi.csc.fi)
>
>
>GCGn jälkeen
>
>GCG:n poistamisen tavoitteena on kohdistaa kehitys- ja ylläpitotyötä
>EMBOSS-ohjelmistoon sekä Gepardi- ja SRS- palvelimiin, niin että jatkossa
>näistä työkaluista saadaan koottua entistä tehokkaampi ja käytettävämpi
>kokonaisuus.
>
>Haluamme helpottaa asiakkaidemme siirtymistä uusien työkalujen käyttöön
>mahdollisimman paljon. Autamme mielellämme ohjelmien käytössä
>sähköpostitse ja puhelimitse ja järjestämme alkuvuodesta EMBOSSin
>käyttökurssin CSC:llä. Lisäksi EMBOSSia käsitellään CSC:n
>Bioperuskurseilla. Voimme myös vierailla ryhmässänne kertomassa EMBOSS:in,
>Gepardin ja SRS:n käytöstä.
>
>Yhteistyöterveisin
>
>CSC:n biopalvelut:
>http://www.csc.fi/molbio
>kimmo.mattila@csc.fi
>timo.kervinen@csc.fi
>eija.korpelainen@csc.fi
>minna.laine@csc.fi
>jarno.tuimala@csc.fi
>
>------------------------------------------------------------------------
>
>Most frequently used GCG pargrams and their EMBOSS and other equivalences
>
>
>assemble union
>bestfit matcher, water
>blast Blast (in Gepardi)
>fasta natve fasta
>fetch seqret, entret
>findpatterns fuzznuc, fuzzpro
>fromtrace abiview
>gap stretcher, needle
>gelassemble Staden package
>gelenter Staden package
>getseq newseq
>lineup mse
>lookup SRS-sever
>map remap, restrict
>mapsort retsrict
>names infoseq
>pileup clustalw, clustalx
>pretty cons, showalign
>prime eprimer3
>reformat seqre
>reverse revseq
>seqed mse
>stringsearch SRS-server, textsearch
>translate transeq
>
>-----------------------------------------------------------------------
>
>Dear GCG user
>
>The GCG sequence analysis package will be removed form the software
>selection of CSC. The negotiations with Accelrys Inc. are still under way,
>but it is possible that the GCG license will end already in the
>end of this year!
>
>GCG and SeqWeb user interface has been one of the most used software
>packages at CSC for nearly for a decade. However, during last few years,
>the development of GCG has slowed down and the package is getting
>outdated.
>
>In the same time EMBOS, whish is an academic sequence analysis toolkit,
>has been growing an developing rapidly. At the moment EMBOSS already
>covers nearly all functions of GCG and provides many tools that are not
>available in GCG. One of the big benefits of EMBOSS is that it is
>academic. Thus the license of EMBOSS allows users to use the software at
>CSC and install the program to local computes too.
>
>
>How to move from GCG to EMBOSS
>
>
>1. SeqWeb and Scientist's interface
>
>
>Scientist's interface, a web service that includes wide selection of
>sequence analysisi tools, will replace SeqWeb. After we will close down
>the SeqWeb server, all the sequence data in users' SeqWeb directory will
>be copied to users home directory, There it can be used both with EMBOSS
>in Scientists? interface and with command line EMBOSS. The www interface
>of EMBOSS is in url:
> https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.en
>
>(Note that when you log in to Scientist's interface, you should use your
>password for Cedar, not the netpassword that is used with SeqWeb.)
>
>
>2. Command line usage
>
>
>For those users, that use GCG in command line, EMBOSS should not cause too
>much problems. EMBOSS understands gcg and msf formats so users can use
>same sequence files with GCG and EMBOSS. In some cases, when input files
>are not plain sequence files, like Fragment Assembly programs, gelenter
>and gelasemble, the reformatting may not be possible.
>
>To set up EMBOSS in cedar, give command:
>use emboss
>
>More information about command line usage of EMBOSS can be found from:
>http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html
>
>
>3. SeqLab
>
>The SeqLab interface, that is used through X-term connections, is at the
>moment one of the few tools where EMBOSS does not offer an equally good
>equivalences. EMBOSS is not able to read .rsf-files and working lists,
>that are used in SeqLab, Because of that SeqLab users should convert all
>the dataset they need into msf-format with the File/Export command in
>SeqLab.
>
>
>What about BLAST?
>
>EMBOSS itself does not include any BLAST or FASTA applications. For
>BLAST and other similarity searches we recommend that you use the new
>Gepardi sequence search server. Running BLAST searches in Gepardi is
>normally both easier and faster than with GCG or SeqWeb. You can use
>Gepardi in URL
>https://gepardi.csc.fi
>
>(Use same password as in the Scientist's interface)
>
>
>Sequence analysis after GCG
>
>As we quit supporting GCG we can better focus our support and development
>projects to tools like EMBOSS software or Gepardi and SRS servers. We
>this way we are able to achieve a more effective and user friendly
>sequence analysis tools in the future.
>
>We want to encourage all our users to ask us, if you need any assistance
>when mowing from GCG to EMBOSS. You can contact us by email or phone. We
>can also visit in you lab and give you a short tutorial on how to use
>tools like EMBOSS, Gepardi and SRS.
>
>Sincerely yours
>
>The bioscience support team:
>
>http://www.csc.fi/molbio
>timo.kervinen@csc.fi
>eija.korpelainen@csc.fi
>minna.laine@csc.fi
>kimmo.mattila@csc.fi
>jarno.tuimala@csc.fi
>
>---------------------------------------------------------------
>Kimmo Mattila, sovellusasiantuntija, Tiedetuki, CSC
>PL 405 02101 Espoo, puh 09 457 2708 , fax (09) 457 2302
>CSC on tieteen tietotekniikan keskus, www.csc.fi, s-posti:
>kimmo.mattila@csc.fi
>
>Kimmo Mattila, application scientist, Science Support, CSC
>P.O. Box 405 02101 Espoo, Finland, tel +358 9 4572708, fax +358 9 4572302
>CSC is the Finnish IT Center for Science, www.csc.fi, e-mail:
>kimmo.mattila@csc.fi
>---------------------------------------------------------------
>