Biolaitos February 2017

biolaitos@lists.oulu.fi

5 participants
18 discussions

Special Seminar on Bioinformatics 14.03.2017 @ 12:15
by Nader Aryamanesh 13 Mar '17

13 Mar '17

Special Seminar on Bioinformatics Time: Tuesday, 14, March 2017 at 12:15 Location: Auditorium TA101 Presenter: Babak Khalaj Professor of Electrical Engineering Sharif University of Technology https://scholar.google.com/citations?user=8HsoXAUAAAAJ Title: Information Theoretic Views on Genome Processing Abstract: In this talk, we will discuss how views from Information Theory can be adopted in Genomics to identify new bounds on the number of reads required to achieve given performance levels in downstream analysis. Along this path, a new read "termination" policy will be introduced to reduce the required the number of reads for a given coverage. Interestingly, we will show that the well-known Waterman-Lander bound can be broken under the new framework leading to much less number of reads required to achieve whole genome coverage. As another example, the case of DNA Pool sequencing will be presented where we investigate theoretic bounds on DNA fragment lengths to lower the tagging ratio or, in an extreme case, alleviate the need for tagging. Finally, a new alignment scheme, known as Meta-Aligner, will also be proposed that shows promising results in long read alignment. All Welcome! Kind regards, Nader Dr Nader Aryamanesh Senior Postdoctoral Research Fellow Department of Ecology and Genetics FIN-90014 University of Oulu Finland Phone: +358 294 481 442 Mobile: +358 505298362 Email: Nader.Aryamanesh(a)oulu.fi<mailto:Nader.Aryamanesh@oulu.fi>

1 1

SOLE-kirjaukset helmikuu
by Eila Viinikainen 28 Feb '17

28 Feb '17

Hei Työajankohdennusten kirjaaminen ja hyväksymiset helmikuulta 2017 Helmikuun työajan kohdennukset pitää kirjata viimeistään 1.3.2017. Tämän jälkeen työajan kirjaamiset eivät ole mahdollisia peruskäyttäjille. SoleTM-järjestelmän oletustyöaika helmikuulle on 147 tuntia. Helmikuun kohdennetut työajat tulee hyväksyä viimeistään 2.3.2017. Kiitos oikein paljon yst terv Eila Viinikainen

1 0

Sanginjoki-tilaisuus ke 1.3.2017 klo 18.00 kaupungin pääkirjastossa
by Annamari Markkola 26 Feb '17

26 Feb '17

Onko viimein Sanginjoen ulkometsän suojelun aika? Keskustelutilaisuus ke 1.3.2017 klo 18.00-20.30 Oulun kaupunginkirjasto, Pakkalan Sali OHJELMA 18.00-18.30 Anne Tolvanen, professori, LUKE/Oulun yliopisto: Metsän aineettomien arvojen merkitys hyvinvoinnillemme 18.30-18.45 Jari Peltomäki, luontomatkailuyrittäjä, Finnature: Sanginjoki kansainvälisenä lintumatkailukohteena 18.45-19.05 Ari-Pekka Auvinen, PPLY:n suojelutoimikunnan pj: Sanginjoen ulkometsän linnuston kehitys ja Faktaa ulkometsän metsätaloudesta 19.05-19.20 Jorma Luhta, valokuvaaja: Luontokuvia Sanginjoen ulkometsästä 19.20-20.30 Paneelikeskustelu "Sanginjoen ulkometsän suojelu - juhlavuoden ympäristöteko?", mukana kuntavaaliehdokkaita. Tilaisuuden järjestävät Pohjois-Pohjanmaan lintutieteellinen yhdistys ja Suomen luonnonsuojeluliitto Oulu. Mukaan on pyydetty kuntavaaliehdokkaita kaikista valtuustopuolueista.

1 0

Laitoskokous tänään peruttu
by Jouni Aspi 24 Feb '17

24 Feb '17

Ei pidetä tänään laitoskokousta. Ensi viikon perjantaina (3.3) Juha Waulu ja Eila Viinikainen tulevat kokoukseen esittäytymään. Eila tulee jatkossa hoitamaan Siskolta jääneitä tehtäviä, joten on hyvä tutustua häneenkin. Jouni

1 0

Re: [Biolaitos] Alamäen bussilasku 15.2. MYSTERY SOLVED
by Annamari Markkola 22 Feb '17

22 Feb '17

No sehän oli tietysti tämä Annun ym elämysoppimisprojektin bussilasku, ks. Notion kiva uutinen asiasta: http://www.oulu.fi/yliopisto/node/44926 t. Am -----Original Message----- From: biolaitos-bounces(a)lists.oulu.fi [mailto:biolaitos-bounces@lists.oulu.fi] On Behalf Of Annamari Markkola Sent: 22. helmikuuta 2017 10:28 To: bioposti(a)lists.oulu.fi; Biolaitos (biolaitos(a)lists.oulu.fi) Subject: [Biolaitos] Alamäen bussilasku 15.2.? Onko meillä ollut joku koululaisvierailu 15.2.? Martissa tuli tarkistettavaksi Alamäen bussilasku Laanilan koulusta yliopistolle - onko tämä meidän ollenkaan? t.Annamari _______________________________________________ Biolaitos mailing list Biolaitos(a)lists.oulu.fi http://lists.oulu.fi/mailman/listinfo/biolaitos

1 0

Alamäen bussilasku 15.2.?
by Annamari Markkola 22 Feb '17

22 Feb '17

Onko meillä ollut joku koululaisvierailu 15.2.? Martissa tuli tarkistettavaksi Alamäen bussilasku Laanilan koulusta yliopistolle - onko tämä meidän ollenkaan? t.Annamari

1 0

FW: allekirjoitus biotalouden vaikutukset kirjeeseen?
by Jouni Aspi 21 Feb '17

21 Feb '17

Olisiko jollakin intressiä ja asiantuntemusta olla mukana allekirjoittamassa oheista julkilausumaa. Jos niin ottakaa suoraan yhteyttä Janneen. Jouni From: Kotiaho, Janne [mailto:janne.kotiaho@jyu.fi] Sent: 21. helmikuuta 2017 11:25 To: heli.peltola(a)uef.fi; riitta.julkunen-tiitto(a)uef.fi; eeva-stiina.tuittila(a)uef.fi; teemu.tahvanainen(a)uef.fi; Harri.vasander(a)helsinki.fi; heikki.setala(a)helsinki.fi; juha.mikola(a)helsinki.fi; Jouni Aspi; sami.aikio(a)helsinki.fi; susanna.lehvavirta(a)helsinki.fi; patrik.byholm(a)novia.fi; kai.lindstrom(a)abo.fi Subject: allekirjoitus biotalouden vaikutukset kirjeeseen? Moi kollegat Ohessa julkilausuma jota olen ollut BIOS-tutkimusyksikön ja muutamien ilmasto- ja metsätutkijoiden kanssa valmistelemassa. Tarkoitus on, että julkilausuman julkistus tapahtuu Helsingissä 24.3. BIOSin järjestämässä tilaisuudessa johon on saatu myös kansanedustajapaneeli paikalle. Nyt aloitamme julkilausumalle allekirjoittajien keräämisen. Allekirjoittaneiden tulee olla julkilausuman asioiden asiantuntijoita / niiden kanssa tutkimusta tehneitä ja tohtoriksi väitelleitä henkilöitä. Pyytäisin kaikkia niitä jotka tämän haluavat allekirjoittaa lähettämään lyhyen sähköpostin otsikolla "YYYYYY allekirjoitus biotalouden vaikutukset kirjeeseen" jossa YYYYYY on henkilön nimi, minulle sekä osoitteeseen: bios(a)bios.fi<mailto:bios@bios.fi> Muista laittaa mukaan ammatti ja arvo/tutkinto jonka haluat lausunnossa lukevan allekirjoituksensa ohessa (esim. professori, akatemiatutkija, ympäristötieteen dosentti, filosofian tohtori etc.). Janne ****************************************************** Janne S. Kotiaho Professor of Ecology, Department of Biological and Environmental Sciences University of Jyväskylä, Finland. tel: + 358 50 5946881 e-mail: janne.kotiaho(a)jyu.fi<mailto:janne.kotiaho@jyu.fi> home: http://users.jyu.fi/~jkotiaho/ Co-founder of the Peerage of Science: http://www.peerageofscience.org/ ******************************************************

1 0

graduaiheet / topics for Master's theses by Fri 24.2.
by Annamari Markkola 20 Feb '17

20 Feb '17

Perjantaipalaverissa puhuttiin keinoista lisätä lähivuosina meiltä valmistuvien FM-tutkintojen määrää (keskim. 32,4 vv. 2012-2016) ja sovittiin, että kerätään listaan ja mainostetaan opiskelijoille tutkimusryhmien graduaiheita wiki-sivulla. Järjestetään piakkoin myös yhteinen graduaiheiden esittelytilaisuus. Lähettäkää siis minulle graduaiheita, jotka voivat olla enemmän tai vähemmän tarkkaan rajattuja, ohjaajien ja ensisijaisen yhteyshenkilön nimet sekä tieto, kummalle pääaineelle (tai käykö kummalle vain) aihe sopii. Jos mahdollista, ottakaa myös huomioon eläinfysiologiasuuntautuneet opiskelijat, jotka miettivät parhaillaan, missä opinnot jatkuvat LuK-tutkinnon suorittamisen jälkeen. Dead-line pe 24.2. Muistakaa myös mainostaa gradu- ja LuK-työaiheita opetuksen yhteydessä. Please send me topics for future Master's theses offered by your research group with names of supervisors and a contact person (plus info whether the topic is more for students majoring in ecology or genetics and physiology - or both) by Fri 24.2.. We'll list and advertise those for students in wiki. A small event where research groups could advertise their Master's theses topics will also be held soon. Annamari

1 0

Teaching feedback &development at Bot Gardens, Tue 4.4. at 14.30/Opetuksen palaute &kehittäminen puutarhalla ti 4.4. klo 14:30 ->
by Annamari Markkola 17 Feb '17

17 Feb '17

Tervetuloa puutarhalle Syntaksis-killan kanssa pidettävään opetuksen palaute- ja kehittämisiltapäivään ti 4.4. klo 14.30 alkaen! Welcome to teaching feedback &development event at Botanical Gardens Tue 4.4. at 14.30, organized together with biology student guild Syntaksis!

1 0

Tiedonkeruulomakkeet kehityskeskusteluihin /Data collection forms for developement discussions
by Jouni Aspi 17 Feb '17

17 Feb '17

Opettajien ja tutkijoiden pitää siis täyttää ja liittää oheinen lomake Certain kehityskeskustelylomakkeeseen ennen kehityskeskusteluja. Researchers and teachers have to fill these forms and attach them to the Certia development discussion forms before the development discussions. Jouni

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

Biolaitos February 2017