Hei,
Genemapperia on käytetty opetuksessa ainakin populaatiogenetiikan perusteiden ja muistaakseni molekyylimenetelmien harjoituksissa. Tarjolla on ilmaisohjelma, mutta siitä on ollut huonoja kokemuksia. Populaatiogenetiikan kurssilla pärjäämme ilmankin Genemapperia. Muista kursseista ja tutkimuskäytöstä en osaa sanoa. Itse en käytä.
Terveisin Tanja
Seppo Saarela Seppo.Saarela@oulu.fi kirjoitti 23.4.2013 kello 17.19:
Hyvä laitoksen henkilökunta, olen saanut Reijo Rasinkankaalta ja Janne Suokkaalta oheisen viestin. Kysyn lähinnä Genemapperin, Matlabin ja R:n käyttäjiltä, miten XP-ongelman kanssa jatketaan. Minulla ei ole käsitystä siitä, kuinka suuri joukko käyttää Genemapperia ja onko sille vaihtoehtoa, joka toimisi uusissa käyttöjärjestelmissä.
Terveisin Seppo
-----Original Message----- From: Janne Suokas Sent: 23. huhtikuuta 2013 14:00 To: Reijo Rasinkangas; Seppo Saarela Cc: Antti Åström Subject: VS: Vanhoista käyttöjärjestelmistä ja ohjelmista
Hei,
Lisääntynyt levytilan tarve on tuskin ongelma ja virtuaalikoneiden käyttö on likipitäen ainoa keino pystyä käyttämään vanhentunutta lisenssiä sillä uusiin työasemiin ei saa enää Windows XP- ajureita. Laitoksen on kuitenkin syytä miettiä vaihtoehtoa Genemapperille ja tässä prosessissa kannattaa hyödyntää olemassa olevia ilmaisia ohjelmistoja tai sitten päivittää kalliisti Genemapperin lisenssiä. Ottaisiko Seppo asiasta laitostasolla kopin ?
-Janne
-----Alkuperäinen viesti----- Lähettäjä: Reijo Rasinkangas Lähetetty: 23. huhtikuuta 2013 12:38 Vastaanottaja: Seppo Saarela Kopio: Janne Suokas; Antti Åström Aihe: Vanhoista käyttöjärjestelmistä ja ohjelmista
Hei,
Biologialla on joitain vanhoja ohjelmia joista osa, esim. GeneMapperin hankitut versiot, vaativat vanhaa XP-käyttöjärjestelmää. XP:n kanssa on nyt kaksi ongelmaa:
- Sitä ei voi asentaa enää uusiin koneisiin, joissa on jo oletusarvoisesti 8 GB muistia, mutta XP tukee vain n. 3 GB:ä
- Microsoft luopuu XP:n tukemisesta keväällä 2014, jolloin yliopisto ei enää voi pitää XP-koneita verkossa kiinni
Vastikään ostettuihin biologian tietokoneisiin (8 GB muistia) asennetaan siis Windows 7 64-bit, ja esim. GeneMapper 4:n toiminta yritetään varmistaa sillä, että ko. koneissa ajetaan virtuaalista XP:tä, johon ko. ohjelma on asennettu. Sopiiko että virtuaalikone sijoitetaan kansioon \lipasto\lutk-yhteiset$\biologia? Kansion tilaa pitäisi kasvattaa jotta virtuaalikone mahtuisi sinne, ja se maksaa laitokselle 30 euroa/vuosi. Tämä ei liene kuitenkaan ongelma?
Virtuaalisia XP-koneita voimme ehkä käyttää hieman pidempään kuin "oikeita" asennuksia, mutta jossain vaiheessa niistäkin pitää päästä eroon. Silloin biologialla pitäisi viimeistään olla käytettävissä modernimpia ohjelmia. Kuten viime joulukuussa jo kerroin, biokemialta kerrottiin että
######################################################################################## CSC:llä on ollut jo kymmenen vuotta käytössä tutkijan käyttöliittymä, jonka alla voi käyttää mm http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/index_html Tietokantoja on käytössä: http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/Databases/index_html
Nämä siis biotieteille. Kemialle ja Fysiikalle on oma paketti. http://www.csc.fi/english/research/software
Ei tarvitse ohjelmoida mitään, vaan kaikki on jo tietokantaliittymiä myöden valmiina. R:n bioconductoria on käytetty tuossa Embster ja chipster-ohjelmissa. ########################################################################################
Onkohan kukaan biologian laitoksella joutanut tutustumaan asiaan? Nämä ovat ilmaisia ohjelmia, joten varmasti houkuttelevat enemmän kuin GeneMapperin uuden version osto, joka tulee eteen jos mitään korvaavaa ei löydetä. Vähän sama juttu on Sequencherin kohdalla, jossa lisenssipalvelijakin on XP-riippuvainen. Suosittelisin että joku tutkijaporukka teillä rupeaisi ihan työkseen katsomaan mitä CSC:n työkaluilla voi tehdä. Siitä olisi hyötyä vaikka loppujen lopuksi ostaisikin Win7:ssa toimivia lisenssejä tutummista ohjelmista. Mainostaisin samalla myös sivulla
https://wiki.oulu.fi/display/ITWiki/Matlab
mainittuja Matlab-seminaareja, jotka pidetään toukokuun lopussa täällä Oulussa. Jotta yliopiston TAH-lisenssin hankinta tuottaisi optimaalisesti, laitoksilla joissa ohjelman käyttö on lisenssien vähyyden takia päässyt unohtumaan pitäisi päästä uudestaan mukaan mahdollisimman nopeasti. Pitkällä tähtäimellä tällainen laajasti käytettävä yhteinen ohjelma tuottaa yliopistolle säästöä. Olen varma että esim. Bioinformatics Toolboxin käytöstä olisi hyötyä ainakin opetuksessa, ja melko varmasti myös tutkimuksessa (vaikka CSC:n työkalut ovat laajempia, Matlab tarjoaa muuta apua joustavan ohjelmointiympäristönsä kautta). Olisiko siinä ajatusta että ihan pyytäisit joitakin biologeja ilmoittautumaan seminaareihin? Nehän ovat ilmaisia eivätkä kestäkään kuin alle puoli päivää kumpainenkin.
Terveisin, Reijo http://cc.oulu.fi/~rar/
Biolaitos mailing list Biolaitos@lists.oulu.fi http://lists.oulu.fi/mailman/listinfo/biolaitos