Crc March 2020

crc@lists.oulu.fi

13 participants
71 discussions

Bio-Rad CFX Connect qPCR
by Antti Haapalainen 21 Aug '25

21 Aug '25

Hei, Bio-Rad CFX Connect qPCR laitteelle tehdään vuosihuolto tiistaina 28.5. Huoltoon menee maksimissaan yksi päivä. Hi, Bio-Rad CFX Connect qPCR will have annual maintenance service on Tuesday 28.5. This will take one day. Terv. Antti

1 14

Päivitetty rahoitusmahdollisuuslista - Updated funding opportunities list
by Jaana Liimatainen 25 Sep '20

25 Sep '20

Hyvät tutkijat - Dear researchers, olen päivittänyt rahoitusmahdollisuuslistan ja se löytyy täältä. - OneDrive (Klick<https://unioulu-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/jliimata_univ_yo_oulu_fi/E…>). Tämä on helpoin vaihtoehto. - BMTK:n Eduuni (FMed<https://tt.eduuni.fi/sites/ou-bmtk/_layouts/15/WopiFrame.aspx?sourcedoc=%7b…>) - LTK:n Eduuni (FBMM<https://tt.eduuni.fi/sites/ou-bmtk/_layouts/15/WopiFrame.aspx?sourcedoc=%7b…>) I have updated the Funding opportunities list today and it can be found in - OneDrive (Klick<https://unioulu-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/jliimata_univ_yo_oulu_fi/E…>). This is the easiest option. The list is read-only, but can be downloaded into Excel. - Eduuni of FMed<https://tt.eduuni.fi/sites/ou-bmtk/_layouts/15/WopiFrame.aspx?sourcedoc=%7b…> - Eduuni of FBMM<https://tt.eduuni.fi/sites/ou-bmtk/_layouts/15/WopiFrame.aspx?sourcedoc=%7b…> Terveisin - Cheers, Jaana Jaana O. Liimatainen, PhD Coordinator Faculty of Medicine Aapistie 5A FIN-90230 University of Oulu tel. +358 294 487 459 mobile +358 50 590 4561 Jaana.Liimatainen[at]oulu.fi

1 6

Oulun yliopiston Tutkimus-, kehittämis- ja innovaatiotoiminnan (TKI) ohjeet poikkeusoloissa / The University of Oulu Guidelines on Research, Development and Innovation (RDI) during the State of Emergency
by Antti Haapalainen 02 Sep '20

02 Sep '20

Hei, Tärkeää informaatiota yliopistolla työskentelyn suhteen: https://patio.oulu.fi/fi/uutiset/oulun-yliopiston-tutkimus-kehittamis-ja-in… Hi, Important information concerning the work done at the University: https://patio.oulu.fi/en/news/university-oulu-guidelines-research-developme… Terv. Antti Haapalainen

1 10

Finnish foundation's COVID funding - deadline 5.4.
by Emma Pirilä 01 Apr '20

01 Apr '20

[In English below] Arvoisat tutkijat, Juho Vainion Säätiö, Minervasäätiö, Paulon Säätiö ja Suomen Lääketieteen Säätiö ovat muodostaneet erityisen rahoituspoolin, josta myönnetään apurahoja lääketieteellisiin ja biolääketieteellisiin tutkimuksiin, jotka kohdistuvat epidemioina ja pandemioina esiintyvien virusinfektioiden ja erityisesti COVID-19 koronaviruksen tutkimukseen. Pooliin on varattu yhteensä 800 000 euroa. Tuen kohteena voivat olla virustautien ehkäisyyn, diagnostiikkaan, hoitoon, sairauden kulkuun, myöhäisvaikutuksiin ja epidemiologiaan liittyvät hankkeet sekä teho-hoitoon ja infektioiden laukaisemiin sairauksiin (esimerkiksi akuutti keuhkovaurio) kohdistuva tutkimukset. Poolin myöntämät apurahat ovat henkilökohtaisia työskentelyapurahoja tai ryhmille myönnettäviä hankeapurahoja. Rahoitusta myönnetään myös hankkeiden materiaali- ja laitehankintoihin. Rahoitettavien hankkeiden on oltava käynnissä tai ne on käynnistettävä mahdollisimman pian rahoituspäätöksen jälkeen. Myönnettävä rahoitus on käytettävä vuosien 2020-21 aikana. Jaettavien apurahojen suuruudet ovat 30 000 (12 kk:n työskentelyapuraha) ja hankeapurahat 50 000, 100 000 ja 200 000 euroa. Lyhyet, 1-2 sivun hankekuvaukset ja budjetit lähetetään sähköpostilla 5.4. klo 16.00 mennessä koordinaattorille: matti.rautalahti(a)duodecim.fi. Myöhästyneitä tai muulla tavalla lähetettyjä hakemuksia ei käsitellä. Hakemukset arvioi mukana olevien säätiöiden yhteinen työryhmä. Rahoituspäätökset pyritään tekemään 6.-9.4.2020. Lisätietoja: Matti Rautalahti, matti.rautalahti(a)duodecim.fi<mailto:matti.rautalahti@duodecim.fi> Liitteenä hakukuulutus. yst.terv. Emma In short: Juho Vainion foundation, Minerva foundation, Paulon foundation and Finnish Medial Foundation have created a funding pool for medical and biomedical research targeted toward epidemics and especially COVID-19 coronavirus research. The pool consists of 800 000 euros. The funding can be targeted towards treatment, diagnostics, disease effectcs, intensive care, late disease stages (for example acute lung damage) research. The funding is personal grants or project grants to research groups. Funding is also granted to material and equipment. The funding must be used in 2020-2021. The funding is 30 000 euros (12 months working grant) and project grants of 50 000, 100 000 and 200 000 euros. Short, 1-2 page applications and budgets should be sent by e-mail no later than 5.4 at 16.00 to the coordinator matti.rautalahti(a)duodecim.fi<mailto:matti.rautalahti@duodecim.fi> Decisions will be made between 6-9.4.2020 Best regards, Emma ************************ Emma Pirilä, PhD Research Funding Specialist Faculty of Medicine Faculty of Biochemistry and Molecular Medicine Biocenter Oulu Aapistie 5A, 2nd floor FIN- 90230 University of Oulu Finland Phone: +358503426428 e-mail: emma.pirila(a)oulu.fi<mailto:emma.pirila@oulu.fi> ************************

1 1

Maailmanlaajuinen COVID-19 Biohackathon 5.4. -11.4.2020 / Global COVID-19 Biohackathon 5.4. - 11.4.2020
by Meri Rova 31 Mar '20

31 Mar '20

Eurooppalainen biologisen tiedon tutkimusinfrastruktuuri ELIXIR ja Euroopan bioinformatiikan yhteisö järjestävät maailmanlaajuisen COVID-19 Biohackathonin 5.4.-11.4.2020. Biohackathonin tavoitteena on ponnistella yhdessä ja luoda työkaluja COVID-19-analyysejä varten. Biohackathon johtaa helpompaan datan saatavuuteen, protokolliin, analyysityökaluihin, ennusteisiin sopivista proteiineista jne. Hackathoniin osallistujat ajavat myös muutoksia ei-julkista tai vaikeasti saatavilla olevaa dataa koskeviin politiikkoihin. Kaikki ovat tervetulleita osallistumaan hackathoniin. Tämä on hyvä mahdollisuus yliopistojen, ammattikorkeakoulujen ja tutkimuslaitosten tutkijoille ja CSC:n asiantuntijoille yhdistää voimat, hyödyntää asiantuntemustaan ja toimia pandemiaa vastaan. Lisäksi tämä hackathon tarjoaa suomalaistutkijoille hyvän mahdollisuuden verkostoitua kansainväliseen kehittäjä- ja data-analyytikkoyhteisön kanssa. CSC tukee tätä hackathonia tarjoamalla osallistujien käyttöön pilvilaskentaa ja tallennuskapasiteettia. * cPouta IaaS pilvipalvelu * Allas objektitallennuspalvelu * Rahti konttitekniikkaan perustuva pilvipalvelu * CWL workflow execution pipeline on Rahti* * Galaxy pulsar service via cPouta* * valmisteltavana Uudet osallistujat voivat rekisteröityä ottamalla yhteyttä tapahtuman järjestäjiin. Lisätietoja ja järjestäjien yhteystiedot löytyvät sivulta https://github.com/virtual-biohackathons/covid-19-bh20 Lisätietoja CSC:ltä Shubham Kapoor Team Lead, Cloud Solutions puh. +358-504284065 s-posti shubham.kapoor(a)csc.fi<mailto:shubham.kapoor@csc.fi> Tommi Nyrönen Program Director ELIXIR node Finland puh: +358503819511 s-posti tommi.nyronen(a)csc.fi<mailto:tommi.nyronen@csc.fi> In English: The ELIXIR & European Bioinformatics Communities are organising the Global COVID-19 Biohackathon on 5.-11.4.2020. The goal of the biohackathon is to create a cohesive effort and work on tooling for COVID-19 analysis. This biohackathon will lead to more readily data accessibility, protocols, computational analysis tools, protein predictions etc. The participants will also push for policy change where it comes to non-public or hard to access data. Anyone can join and contribute. This is a good opportunity for researchers in universities, universities of applied sciences and research institutions and CSC's specialists to join forces, utilise their expertise and fight against the pandemic. Also this provides Finnish researchers a way to connect to global developer and data analyst community. CSC participates in this hackathon by offering access to its state-of-the-art cloud computing and data lake services for hackathon participants. * cPouta IaaS cloud service access * Allas Object Storage service access * Rahti Container cloud service access * CWL workflow execution pipeline on Rahti* * Galaxy pulsar service via cPouta * under preparation For new registrations, one needs to contact the organising team. More information and contact details of organising team are at https://github.com/virtual-biohackathons/covid-19-bh20. More information at CSC Shubham Kapoor Team Lead, Cloud Solutions Tel: +358-504284065 E-mail shubham.kapoor(a)csc.fi<mailto:shubham.kapoor@csc.fi> Tommi Nyrönen Program Director ELIXIR node Finland Mobile: +358503819511 tommi.nyronen(a)csc.fi<mailto:tommi.nyronen@csc.fi>

1 0

FW: BCO Biocomputing RI
by Katja Riipinen 27 Mar '20

27 Mar '20

Tiedoksi From: Pirkko Huhtala <pirkko.huhtala(a)oulu.fi> Sent: perjantai 27. maaliskuuta 2020 14.12 To: ltk-all <ltk-all(a)oulu.fi> Subject: VL: BCO Biocomputing RI Dear All, this is to inform you that the BCO Biocomputing RI will be operating in the same way as before. We are not depending on lab space, our equipment is not even in Oulu, and we conduct our work in the virtual space and remotely. There is only one change. When setting up a meeting to discuss your project, we will need to do this online. Contact me or Pierre Leprovost at pierre.leprovost(a)oulu.fi<mailto:pierre.leprovost@oulu.fi> if you require our services. Best regards, ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ André H. Juffer Biocenter Oulu (BCO), Faculty of Biochemistry and Molecular Medicine (FBMM) University of Oulu, Finland Follow us at @bco_bc<https://twitter.com/bco_bc>. Email: andre.juffer(a)oulu.fi<mailto:andre.juffer@oulu.fi> Phone: +358-294-481161 WWW: BCO Research Infrastructure<https://www.oulu.fi/biocenter/biocomputing-and-bioinformatics>, Research<https://www.oulu.fi/biocenter/coordinators-projects/juffer>, FBMM<https://www.oulu.fi/fbmm/> ORCID: orcid.org/0000-0003-3533-0520<http://orcid.org/0000-0003-3533-0520> LinkedIn | www.linkedin.com/in/andrejuffer<http://www.linkedin.com/in/andrejuffer> StrucBioCat | www.oulu.fi/biocenter/strucbiocat<http://www.oulu.fi/biocenter/strucbiocat> Triacle Biocomputing | www.triacle-bc.com<http://www.triacle-bc.com>

1 0

FW: TG core operates!
by Katja Riipinen 27 Mar '20

27 Mar '20

Tiedoksi From: Pirkko Huhtala <pirkko.huhtala(a)oulu.fi> Sent: perjantai 27. maaliskuuta 2020 14.12 To: fbmm(a)lists.oulu.fi; ltk-all <ltk-all(a)oulu.fi> Subject: VL: TG core operates! Dear all, BCO Transgenic core facility is able to operate under these circumstances by following strict safety regulations given by the University of Oulu (https://patio.oulu.fi/en/news/detailed-regulations-working-university-premi…). We can provide services related to gene modified mice such as cryopreservation. In the current situation, each project needs to be carefully planned with the TG core personnel and in cooperation with Laboratory Animal Centre. Please, contact either Reetta Vuolteenaho (reetta.vuolteenaho(a)oulu.fi<mailto:reetta.vuolteenaho@oulu.fi>) or Reetta Hinttala (reetta.hinttala(a)oulu.fi<mailto:reetta.hinttala@oulu.fi>) for further information. Tissue slide scanner is in operation as usual. For new sample orders, email: reetta.vuolteenaho(a)oulu.fi<mailto:reetta.vuolteenaho@oulu.fi>; salla.kangas(a)oulu.fi<mailto:salla.kangas@oulu.fi>; kirsi.sakkinen(a)oulu.fi<mailto:kirsi.sakkinen@oulu.fi>; hanna.seppala(a)oulu.fi<mailto:hanna.seppala@oulu.fi>; sanna.kauppinen(a)oulu.fi<mailto:sanna.kauppinen@oulu.fi> When working in the histology lab follow these instructions: * use the equipment only if you have made the reservation * max 5 persons at a time in the room * keep at least 2 meters distance to others or wear a face mask (not provided) if working in pairs * wear clean gloves * clean all working surfaces and the equipment with 70% EtOH before and after the work Thank you for the cooperation and stay healthy! On behalf of the TG core, Reetta ps. check out the new webpage of our national network https://www.fingmice.fi/ by Antti Viklund ----------- Reetta Hinttala, Associate Prof, coordinator Finnish EMMA node, Transgenic core facility, Biocenter Oulu PEDEGO, Pediatric neurology, Faculty of Medicine University of Oulu Finland reetta.hinttala(a)oulu.fi<mailto:reetta.hinttala@oulu.fi>

1 0

FW: Virtuaalinen Brown Bag 2.4.!
by Antti Haapalainen 27 Mar '20

27 Mar '20

From: Pirkko Huhtala <pirkko.huhtala(a)oulu.fi> Sent: perjantai 27. maaliskuuta 2020 11.23 To: fbmm(a)lists.oulu.fi; ltk-all <ltk-all(a)oulu.fi>; 'bco-staff(a)lists.oulu.fi' <bco-staff(a)lists.oulu.fi> Cc: Simo Kekäläinen <Simo-Pekka.Kekalainen(a)oulu.fi> Subject: VL: Virtuaalinen Brown Bag 2.4.! Brown Bagit jatkuvat, helposti zoomilla kaikkien tavoitettavissa! Brown Bags continue, now easy access with Zoom! (In English below) Brown Bag siirtyy virtuaalimaailmaan Brown Bag- tutkimusseminaarit siirtyvät virtuaalimaailmaan ja ensi viikon torstaina 2.4. klo 11-12 ensimmäisen virtuaalisen Brown Bag -seminaarin aiheena on “Äitiys ja imetys 1600–1800-luvuilla” Seminaari järjestetään Virtuaali-Telluksessa osoitteessa bit.ly/virtualtelluszoom<http://bit.ly/virtualtelluszoom> Tällä kertaa seminaarin puhujina ovat arkeologian akatemiatutkija Sanna Lipkin sekä arkeologian tutkijatohtori Tiina Väre. Seminaari tarkastelee äitiyden ja imetyksen historiaa Suomessa arkeologian näkökulmasta. Molemmat tämän kerran tutkijat tekevät yhteistyötä hankkeessa Uusia näkökulmia lapsuuteen Suomessa (1600–1900): Hauta-asu lapsen aseman määrittelijänä. Hankkeessa he tutkivat äitiyttä, imetystä ja lapsuutta Suomessa arkeologian keinoin, muun muassa selvittämällä lapsen ruokavaliota vainajan hampaiden koostumuksesta. Heidän tutkimukseensa liittyviä videoita on nähtävillä esimerkiksi Pohjois-Pohjanmaan museon Huolella haudatut -näyttelyssä. Linkki seminaariin: bit.ly/virtualtelluszoom<http://bit.ly/virtualtelluszoom> //// Brown Bag goes online! From this day onwards, Brown Bag research seminars will go online! Our first virtual Brown Bag seminar will take place on Thursday April 2nd from 11 to 12 o'clock. The seminar will be held in Virtual Tellus and you can join us via this link: bit.ly/virtualtelluszoom<http://bit.ly/virtualtelluszoom> Our Virtual Brown Bag seminar’s theme will be ”Discovering motherhood of the past”. The seminar will take a look at motherhood and breast feeding in Finland from 17th to 19th century. The speakers are: Academy Research Fellow Sanna Lipkin, Department of Archaeology, University of Oulu Postdoctoral Researcher Tiina Väre, Department of Archaeology, University of Oulu Link to Virtual Tellus: bit.ly/virtualtelluszoom<http://bit.ly/virtualtelluszoom>

1 0

FW: Keep facilities clean and avoid contacts
by Antti Haapalainen 27 Mar '20

27 Mar '20

From: Pirkko Huhtala <pirkko.huhtala(a)oulu.fi> Sent: perjantai 27. maaliskuuta 2020 10.01 To: 'bco-staff(a)lists.oulu.fi' <bco-staff(a)lists.oulu.fi>; fbmm(a)lists.oulu.fi; ltk-all <ltk-all(a)oulu.fi> Subject: Keep facilities clean and avoid contacts Dear all, keep in mind the regulations and instructions when working on university premises * Everyone must ensure regular and careful hand hygiene * The distance between persons must always be at least one meter - the less there are people in the same laboratory space, the better. * Note! there are some specific regulations and instructions when using common equipment and facilities. Please, read them carefully and follow them! * Coffee and break rooms are open, but unnecessary presence in them and in corridors is prohibited https://patio.oulu.fi/en/news/detailed-regulations-working-university-premi… Thank you! Kind regards Pirkko Huhtala Pirkko Huhtala, Ph.D. Coordinator Biocenter Oulu University of Oulu Mailing address: P.O.Box 5000, FIN-90014 University of Oulu Finland Street address: 476B, Aapistie 5A, FIN-90220 Oulu Tel. sis/int. 486101, ulk./Ext. 0294 486101 Tel. +358-294 486101 e-mail pirkko.huhtala(a)oulu.fi<mailto:pirkko.huhtala@oulu.fi> www.oulu.fi/biocenter<http://www.oulu.fi/biocenter>

1 0

FW: Koronan vaikutuksista projektitalouteen
by Antti Haapalainen 27 Mar '20

27 Mar '20

From: Pertti Vuokila <Pertti.Vuokila(a)oulu.fi> Sent: perjantai 27. maaliskuuta 2020 8.35 To: LTK <ltk-staff(a)oulu.fi>; LTK-idm <LTK-idm(a)oulu.fi> Subject: Koronan vaikutuksista projektitalouteen Hei, Liitteenä on informaatiota Korona -epidemian vaikutuksista projektien talousasioihin. Rahoittajien sivuilta löytyy varmaan tarkennuksia ajan myötä. Tässä vaiheessa suurimmat vaikutukset kohdentuvat todennäköisimmin peruuntuneisiin kokouksiin ja niihin liittyviin matkakuluihin ja osallistumismaksuihin. Terveisin, Pertti Vuokila controller

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

Crc March 2020