From: Kataja, Kari [mailto:kari.kataja@roche.com] Sent: 12. marraskuuta 2007 14:16 Subject: Roche/454 GS FLX genomisekvenaattori - esittelytilaisuus
Arvoisa vastaanottaja,
Tämä on kutsu Oulussa torstaina 29.11. klo 12 pidettävään tilaisuuteen, jossa esittelemme biotieteellistä tutkimusta kahden vuoden ajan mullistaneen laitteen, GS FLX genomisekvensaattorin.
GS FLX mahdollistaa laajan sovelluskirjon monissa tutkimusalueissa. Nimensä mukaisesti genomisekvenaattorilla on mahdollista sekvensoida kokonaisten kasvien, hiivojen, sienten ja virusten genomeja, mutta myös paljon muuta. Tämä perustuu ainutlaatuiseen pitkän lukupituuden, throughputin ja lukutarkkuuden yhdistelmään. Allaolevassa taulukossa on listattuna mahdollisia aplikaatioita. Linkit johtavat sovellusten kuvauksiin ja julkaistuihin artikkeleihin.
Vuoden 2005 syksyn lanseerauksen jälkeen, Rochen /454 Life Sciencesn parallelsekvensaattoreita on hankittu maailmanlaajuisesti yhteensä n. 100 kpl. Tutkimuksen satona on julkaistu jo 100 peer-reviewed artikkelia korkeatasoisissa lehdissä, kuten Nature ja Science, joukossa mm. Andrew Fire, v. 2006 lääketiete/fysiologia Nobelin palkinnon saaja. Liitteenä on lokakuun julkaisuluettelo.
Research Field
Application
Method
Software
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050100De Novohttps://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050100 Sequencing
Whole Genomes of Plants, Yeasts, Funghi, Bacteria, Viruses
Shotgun Sequencing, Paired-End Sequencing, De Novo Assembly
GS De Novo Assembler
BACs, Fosmids, Plastids
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050200Resequencing
Whole Genomes of Human, Plants, Yeasts, Funghi, Bacteria, Viruses
Shotgun Sequencing, Mapping to Reference Sequence
GS Reference Mapper
BACs, Fosmids
Genomic rearrangements
Paired-End Sequencing
GS Reference Mapper
Disease Associated Regions (SNPs, indels)
Shotgun Sequencing of Long-Range PCR Products
GS Reference Mapper
Amplicon Sequencing
GS Amplicon Variant Analyzer
Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
Amplicon Sequencing
GS Amplicon Variant Analyzer
Somatic Mutations
Amplicon Sequencing
GS Amplicon Variant Analyzer
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050300Transcriptome Analysis
Full-length transcripts
Shotgun Sequencing
GS De Novo Assembler
Expressed Sequence Tags (ESTs)
cDNA fragment sequencing
3rd party software
5'-Transcript Ends (5'-RATE)
cDNA fragment sequencing
3rd party software
Multiplex Sequencing of Paired-End Ditags (Singapore MS-PET)
cDNA fragment sequencing
3rd party software
Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
cDNA fragment sequencing
3rd party software
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050400Gene Regulation Studies
Small non coding RNAs
cDNA fragment sequencing
3rd party software
Transcription Factor Binding Sites (ChIP-Sequencing)
cDNA fragment sequencing
3rd party software
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050500Epigenetic Changes
DNA Methylation Pattern
Amplicon Sequencing
GS Amplicon Variant Analyzer
Nucleosome Modifications
DNA fragment sequencing
3rd party software
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050600Metagenomics & Microbial Diversity
Analysis of Environmental DNA
Shotgun Sequencing
3rd party software
16S rRNA
Amplicon Sequencing
3rd party software
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/flx.jsp?id=050700Paleogenomics
Whole Genome Sequencing of Ancient DNA
Shotgun sequencing
GS Reference Mapper
GS FLX:n nykykapasiteetilla sekvensoi yli 100 miljoonaa emästä 7.5 tunnin ajolla - yhden ihmisen työpanoksella, ilman ison mittakaavan robotiikkaa. Käytännössä tämä massiivinen kapasiteetti tarkoittaa esim. 4 Mb bakteerigenomien sekvensointiprojektien lyhenemistä useista kuukausista muutamiin päiviin. Nyt on mahdollista toteuttaa projekteja, jotka aikaisemmin olivat ajallisesti, taloudellisesti ja henkilöresurssien puolesta mahdottomia.
GS FLX:n tekniikka perustuu pyrosekvenointiin. Selkeänä erona ja etuna muihin parallelsekvensointilaitteisiin verrattuna on yli kymmenkertainen lukupituus - yli 250bp. Tämä ominaisuus on oleellinen paitsi de novo sekvensoinnissa, niin kattavan ja oikean kuvan saamiseksi myös monissa muissa sovelluksissa, kuten sncRNA sekvensoinneissa. Muina valtteina FLX:llä ovat mm. matala virhetaajuus (0,5%) ja pieni oversampling -vaatimus.
Tässä on linkki www-sivuillemme, jossa voi tutustua eri sovellutuksiin, teknologiaan multimedia show'n muodossa, julkaistuihin artikkeleihin, jne.
https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/index.jsphttps://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/flx/index.jsp
Helsingin Yliopiston Biotekniikan Instituutissa genomisekvensaattori on ollut käytössä joulukuusta 2006. Esittelytilaisuudessamme sekvensointilaboratorion vetäjä Lars Paulin kertoo laitteen käyttökokemuksista sekä instituutin palvelutoiminnoista.
ILMOITTAUTUMINEN
Esittelytilaisuus pidetään 29.11. klo 12-14:30 Technopolis Kontinkankaassa, Kiviharjuntie 11. Tilaisuuden jälkeen on tarjolla salaattibuffet.
Ilmoittautua voi vastaamalla tähän sähköpostiin, viimeistään tiistain 27.11. aikana.
Tämän kutsun voi myös lähettää edelleen aiheesta kinnostuneille.
Tervetuloa !
Ystävällisin terveisin,
Kari Kataja
Kari Kataja, DI Avainasiakaspäällikkö
Roche Diagnostics Oy Sinimäentie 10 B 02630 Espoo
Puh. (09) 5253 3361 / 041 5457902 (GSM) Faksi (09) 5253 3351 mailto:kari.kataja@roche.commailto:kari.kataja@roche.com www.roche-diagnostics.fi
Uusi osoite ja puhelinnumero 23.11.2007 alkaen:
PL 160, Klovinpellontie 3, 02181 Espoo,
Puhelin 010 554 5803
Faksi 010 5545 5890
Kari Kataja, M.Sc. (Chem. Eng.) Key Account Manager
Roche Diagnostics Oy Sinimäentie 10 B 02630 Espoo FI-02630 Espoo, Finland Phone: +358 9 5253 3361 / +358 41 5457902 (GSM) Fax: +358 9 5253 3351 mailto:kari.kataja@roche.commailto:kari.kataja@roche.com www.roche-diagnostics.fi
New address as from 23 November 2007
P.O. Box 160, Klovinpellontie 3, FI-02181 Espoo, Finland
Tel: +358 10 554 5803
Fax: +358 10 5545 5890
Confidentiality Note: This message is intended only for the use of the named recipient(s) and may contain confidential and/or proprietary information. If you are not the intended recipient, please contact the sender and delete this message. Any unauthorized use of the information contained in this message is prohibited
Ltkhkunta mailing list Ltkhkunta@lists.oulu.fi http://lists.oulu.fi/mailman/listinfo/ltkhkunta
-
Tiina Hurskainen