Genetics December 2002

genetics@lists.oulu.fi

5 participants
8 discussions

jouluterveisiä
by pekka pamilo 17 Dec '02

17 Dec '02

Hei Kahvihuoneen pöydällä on Lakovaaran Sepolle ja Liisalle menevä joulukortti, johon toivomme monta nimeä viimeistään torstaina. You can sign a Christmas card to Seppo Lakovaara (the former professor of genetics in our department). The card is in the coffee room until Thursday. Hyvää Joulua, Pekka

1 0

Keyes
by Anni Tonteri 16 Dec '02

16 Dec '02

Hello all! I found someones keyes in the ladies toilet in the genetics third floor. I have them in PT314. Come and get them! 8) Anni --------------------------------------------------------------------- WORK: HOME: University of Oulu Rakentajantie 5 F 42 Department of Biology / Genetics 90570 Oulu PO Box 3000 Finland 90014 University of Oulu Finland Tel: +358-(0)8-554 3606 Tel. +358-(0)8-553 1793 (office, PT314) +358-(0)8-553 1789 (lab, PT309) E-mail: atonteri(a)mail.student.oulu.fi ---------------------------------------------------------------------

1 0

Re: perimän II kerros (fwd)
by Minna Ruokonen 11 Dec '02

11 Dec '02

Hei, Muillekin II kerroksen ihmisille tiedoksi alla oleva. terv. Minna ---------- Forwarded message ---------- Date: Wed, 11 Dec 2002 08:41:17 +0200 From: Tuulikki Pakonen <Tuulikki.Pakonen(a)oulu.fi> To: Minna Ruokonen <mruokone(a)sun3.oulu.fi> Subject: Re: perimän II kerros Huomenta Minna, Tietääkseni ei, mutta meillä on ollut viime perjantaina ja eilen hajuongelma, joka johtui kuivuneista lattiakaivoista. Vetokaapin liuotinhöyryt voi siirtyä sitäkin kautta, eli tarttee laskea vettä lattiakaivoihin ja vähän käytettyihin lavuaareihin. Tarkistutan huoltomiehillä teidän IV-koneen toiminnan jokatapauksessa. - Tuulikki At 08:22 11.12.2002 +0200, you wrote: >Hei, > >Viime viikonlopun ja eilisillan aikana perimän II kerroksessa on tuntunut >liuotinmaalin tyyppinen haju. Kävin juuri alakerran pajalla varmistamassa, >ettei siellä ole mitään suuria maalaus- ym. projekteja menossa. Onko >ilmastoinnissa tehty jotain muutoksia? > >terv. Minna > > = = = = = = = = = = = = = = = = = = > = Minna Ruokonen = > = Department of Biology = > = University of Oulu = > = POB 3000 = > = FIN-90014 University of Oulu = > = FINLAND = > = = > = minna.ruokonen(a)oulu.fi = > = +358-(0)8-553 1802 (office) = > = +358-(0)8-553 1061 (fax) = > = +358-(0)40-7355770 (mobile) = > = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

VL: GCG will be removed from CSC!
by Jouni Aspi 10 Dec '02

10 Dec '02

>Aihe: GCG will be removed from CSC! > > > >Same message is in English after the Finnish text. > >Hyvä GCG ohjelmiston käyttäjä > >GCG on poistumassa CSC:n ohjelmistovalikoimasta. Neuvottelut ohjelmiston >myyjän kanssa ovat yhä kesken, mutta on mahdollista, että ohjelmiston >käyttö lakkaa jo vuoden 2003 alusta! > >GCG-sekvenssianalyysiohjelmisto on ollut eräs CSC:n eniten käytetyistä >ohjelmistoista. GCG-paketin kehitys on kuitenkin viimeisten vuosien >aikana käytännössä pysähtynyt, kun taas akateemista EMBOSS ohjelmistoa >(European Molecular Biology Open Software Suite) on kehitetty >aktiivisesti. Nykyisellään EMBOSS kattaa lähes kaikki GCG-ohjelmiston >toiminnot ja sisältää lisäksi useita toimintoja ja analyysimenetelmiä, >joita GCG:ssä ei ole. EMBOSS pystyy käsittelemään sekvenssidataa >useissa eri formaateissa, joten se soveltuu hyvin yhteen muiden CSC:llä >käytettävien sekvenssianalyysiohjelmien kanssa (esim. Clustal ja Phylip >ohjelmistot). Akateemiseen EMBOSS-ohjelmaan ei liity käyttöä rajoittavia >lisenssiehtoja, joten tutkijat voivat käyttää sitä yhtä hyvin CSC:n >palvelimilla kuin omalla koneellakin. > > >Miten siirryn GCG:stä EMBOSS-käyttäjäksi? > >1. SeqWeb käyttäjät. > >CSC:n kehittämässä Tutkijan käyttöliittymä -nimisessä www-palvelussa on >laaja valikoima sekvensstyökaluja (mm. yli 120 EMBOSS ohjelmaa), jotka >tarjoavat SeqWeb-käyttöliittymää laajemman ohjelmistovalikoiman. Tutkijan >käyttöliittymän sekvenssianalyysiohjelmat löytyvät osoitteesta: > >https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.fi > >(Huomaa että Tutkijan käyttöliittymän salasana on sama kuin Cedarin >salasanaa. Ei siis SeqWebin käyttämä verkkosalasana) > >SeqWebin poistamisen yhteydessä siirrämme käyttäjän SeqWeb-hakemistosssa >olevat tiedostot hänen kotihakemistoonsa. Tämän jälkeen tiedostoja voidaan >käyttää sekä Tutkijan käyttöliittymän että EMBOSS:in komentoriviversion >avulla. > >2. Komentorivikäyttö > >Useille GCG:n komentorivikäyttäjille EMBOSS:iin siirtyminen ei tuota >juurikaan ylimääräistä työtä. EMBOSS pystyy lukemaan gcg- ja msf >muotoisia sekvenssitiedostoja ja ohjelmien käyttö muistuttaa paljolti >GCG:n käyttöä. Ongelmia saattaa kuitenkin esiintyä esimerkiksi GCG:n >Fragment Assembly-ohjelmien (mm. gelenter ja gelassemble) kohdalla, >koska kaikki tulostiedostot eivät aina ole muutettavissa sopiviin >formaatteihin. > >EMBOSS alustetaan komennolla Cedarissa komennolla: > use emboss > >Lisätietoa EMBOSS:in komentorivikäytöstä löytyy sivulta: >http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html > >3. SeqLab > >Ainut GCG:n käyttötapa, johon EMBOSS ei tällä hetkellä tarjoa aivan >yhtä hyvää vastiketta, on X-yhteyksien kautta käytettävä >SeqLab-käyttöliittymä. SeqLabin käyttämät työlistat ja .rsf >-tiedostot eivät suoraan käy EMBOSSiin, vaan ne pitää muuttaa >msf-muotoisiksi tiedostoiksi SeqLabin File/Export-komennolla. >SeqLab-käyttäjien kannattaa siis käydä läpi kotihakemistossaan olevat >tiedostot ja tehdä tarvittavat muutokset. > > >Entä BLAST? > >EMBOSS ei sisällä BLAST tai FASTA-ohjelmistoja. BLAST- ja muita >samankaltaisuushakuja varten CSC:llä on käytössä uusi Gepardi-palvelin, >jolla hakujen tekeminen on GCG:hen verrattuna sekä helpompaa että >nopeampaa. (Katso: https://gepardi.csc.fi) > > >GCGn jälkeen > >GCG:n poistamisen tavoitteena on kohdistaa kehitys- ja ylläpitotyötä >EMBOSS-ohjelmistoon sekä Gepardi- ja SRS- palvelimiin, niin että jatkossa >näistä työkaluista saadaan koottua entistä tehokkaampi ja käytettävämpi >kokonaisuus. > >Haluamme helpottaa asiakkaidemme siirtymistä uusien työkalujen käyttöön >mahdollisimman paljon. Autamme mielellämme ohjelmien käytössä >sähköpostitse ja puhelimitse ja järjestämme alkuvuodesta EMBOSSin >käyttökurssin CSC:llä. Lisäksi EMBOSSia käsitellään CSC:n >Bioperuskurseilla. Voimme myös vierailla ryhmässänne kertomassa EMBOSS:in, >Gepardin ja SRS:n käytöstä. > >Yhteistyöterveisin > >CSC:n biopalvelut: >http://www.csc.fi/molbio >kimmo.mattila(a)csc.fi >timo.kervinen(a)csc.fi >eija.korpelainen(a)csc.fi >minna.laine(a)csc.fi >jarno.tuimala(a)csc.fi > >------------------------------------------------------------------------ > >Most frequently used GCG pargrams and their EMBOSS and other equivalences > > >assemble union >bestfit matcher, water >blast Blast (in Gepardi) >fasta natve fasta >fetch seqret, entret >findpatterns fuzznuc, fuzzpro >fromtrace abiview >gap stretcher, needle >gelassemble Staden package >gelenter Staden package >getseq newseq >lineup mse >lookup SRS-sever >map remap, restrict >mapsort retsrict >names infoseq >pileup clustalw, clustalx >pretty cons, showalign >prime eprimer3 >reformat seqre >reverse revseq >seqed mse >stringsearch SRS-server, textsearch >translate transeq > >----------------------------------------------------------------------- > >Dear GCG user > >The GCG sequence analysis package will be removed form the software >selection of CSC. The negotiations with Accelrys Inc. are still under way, >but it is possible that the GCG license will end already in the >end of this year! > >GCG and SeqWeb user interface has been one of the most used software >packages at CSC for nearly for a decade. However, during last few years, >the development of GCG has slowed down and the package is getting >outdated. > >In the same time EMBOS, whish is an academic sequence analysis toolkit, >has been growing an developing rapidly. At the moment EMBOSS already >covers nearly all functions of GCG and provides many tools that are not >available in GCG. One of the big benefits of EMBOSS is that it is >academic. Thus the license of EMBOSS allows users to use the software at >CSC and install the program to local computes too. > > >How to move from GCG to EMBOSS > > >1. SeqWeb and Scientist's interface > > >Scientist's interface, a web service that includes wide selection of >sequence analysisi tools, will replace SeqWeb. After we will close down >the SeqWeb server, all the sequence data in users' SeqWeb directory will >be copied to users home directory, There it can be used both with EMBOSS >in Scientists? interface and with command line EMBOSS. The www interface >of EMBOSS is in url: > https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.en > >(Note that when you log in to Scientist's interface, you should use your >password for Cedar, not the netpassword that is used with SeqWeb.) > > >2. Command line usage > > >For those users, that use GCG in command line, EMBOSS should not cause too >much problems. EMBOSS understands gcg and msf formats so users can use >same sequence files with GCG and EMBOSS. In some cases, when input files >are not plain sequence files, like Fragment Assembly programs, gelenter >and gelasemble, the reformatting may not be possible. > >To set up EMBOSS in cedar, give command: >use emboss > >More information about command line usage of EMBOSS can be found from: >http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html > > >3. SeqLab > >The SeqLab interface, that is used through X-term connections, is at the >moment one of the few tools where EMBOSS does not offer an equally good >equivalences. EMBOSS is not able to read .rsf-files and working lists, >that are used in SeqLab, Because of that SeqLab users should convert all >the dataset they need into msf-format with the File/Export command in >SeqLab. > > >What about BLAST? > >EMBOSS itself does not include any BLAST or FASTA applications. For >BLAST and other similarity searches we recommend that you use the new >Gepardi sequence search server. Running BLAST searches in Gepardi is >normally both easier and faster than with GCG or SeqWeb. You can use >Gepardi in URL >https://gepardi.csc.fi > >(Use same password as in the Scientist's interface) > > >Sequence analysis after GCG > >As we quit supporting GCG we can better focus our support and development >projects to tools like EMBOSS software or Gepardi and SRS servers. We >this way we are able to achieve a more effective and user friendly >sequence analysis tools in the future. > >We want to encourage all our users to ask us, if you need any assistance >when mowing from GCG to EMBOSS. You can contact us by email or phone. We >can also visit in you lab and give you a short tutorial on how to use >tools like EMBOSS, Gepardi and SRS. > >Sincerely yours > >The bioscience support team: > >http://www.csc.fi/molbio >timo.kervinen(a)csc.fi >eija.korpelainen(a)csc.fi >minna.laine(a)csc.fi >kimmo.mattila(a)csc.fi >jarno.tuimala(a)csc.fi > >--------------------------------------------------------------- >Kimmo Mattila, sovellusasiantuntija, Tiedetuki, CSC >PL 405 02101 Espoo, puh 09 457 2708 , fax (09) 457 2302 >CSC on tieteen tietotekniikan keskus, www.csc.fi, s-posti: >kimmo.mattila(a)csc.fi > >Kimmo Mattila, application scientist, Science Support, CSC >P.O. Box 405 02101 Espoo, Finland, tel +358 9 4572708, fax +358 9 4572302 >CSC is the Finnish IT Center for Science, www.csc.fi, e-mail: >kimmo.mattila(a)csc.fi >--------------------------------------------------------------- >

1 0

Rosario's "Sari's" farewell party
by Merja Mikkonen 09 Dec '02

09 Dec '02

Hello Rosario "Sari" Garcia is leaving Oulu and us and flying back to Spain before Christmas. We (Outi's group) are going out to dinner at Wednesday this week (11. 12.) to the creek restaurant "Crecian" at Kirkkokatu 55, starting at about 18.00-18.30. Others who would like to join us there are welcome. To reserve the tables everybody has to give me her or his name before the Wednesday noon. There is a list by my office door (PT317) where you can sign your name. Merja ****************************************************************** * * * Merja Mikkonen Ph.D. e-mail:Merja.Mikkonen@csc.fi * * Merja.Mikkonen(a)oulu.fi * * http://cc.oulu.fi/%7egenetwww/plants/index.htm * * * * Department of Biology, Genetics * Tel: 358-8-553 1800 * * University of Oulu * Fax: 358-8-553 1061 * * P.O. Box 3000 * * FIN-90014 University of Oulu * * FINLAND * * * ******************************************************************

1 0

VL: World Congress of Genetics Melbourne 2003
by Jouni Aspi 09 Dec '02

09 Dec '02

>-----Alkuperäinen viesti----- >Lähettäjä: Genetics Congress [mailto:failed@geneticscongress2003.com] >Lähetetty: 5. joulukuuta 2002 18:45 >Vastaanottaja: Genetics Community >Aihe: World Congress of Genetics Melbourne 2003 > >Please refer to http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/newsletter/newslet= >ter-02=2Ehtm if you are unable to view this e-mail=2E=20 > >Newsletter Issue 2 > > >An Historic Event > >2003 marks the fiftieth anniversary of the discovery of the structure of D= >NA by James D=2E Watson and Francis Crick=2E The International Congress of= > Genetics, to be held in Melbourne, Australia, will be the focus of global= > celebrations to note this discovery that continues to shape human history= >=2E James D=2E Watson will be joined in Melbourne by other scientists who = >laid the foundations of molecular genetics including Seymour Benzer, Sydne= >y Brenner, Robin Holliday, H=2E Gobind Khorana and Charles Yanofsky=2E You= > are invited to join them at the DNA Discovery Dinner - http://www=2Egenet= >icscongress2003=2Ecom/soc_congress=2Ehtml=2E=20 > >Scientific Program > >The scientific theme of the Congress is Genomes - The Linkage to Life=2E T= >he Congress will consider and celebrate the ongoing impact of the genome p= >rojects that have placed the discipline of genetics in a position to power= >fully address biological questions, both basic and applied=2E > >280 elite invited speakers including six Nobel Laureates - http://www=2Ege= >neticscongress2003=2Ecom/news=2Ehtml - will address an anticipated audienc= >e of 3000 delegates on basic themes ranging from embryogenesis to evolutio= >n and applied themes impacting agriculture, the environment and >medicine=2E= > Details of the Congress program will be constantly updated on the web sit= >e - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/=2E You can examine the list o= >f 54 Symposia topics - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/prog_sympos= >ia=2Ehtml - and see the impressive, continually expanding list of invited = >speakers=2E > >Education, Ethics and Genetic Counselling > >The Congress will have special programming in education, ethics and geneti= >c counselling=2E There will also be a major public participation >program=2E= > Some basic information on these aspects of the program are available now = >- http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/prog_issues=2Ehtml=2E=20 > >Satellite Conferences and Tours > >Before and after the Congress you can take the opportunity to travel aroun= >d Australia - >http://www=2Eaustralia=2Ecom/ProcessSplashResults=2Eaust?C=3D= >AU&L=3Den=2E A range of pre- and post conference tours - http://www=2Egene= >ticscongress2003=2Ecom/soc_pre_post_packages=2Ehtml - have been organized = >=2E You may wish to join a tour, plan your own adventure or register for o= >ne of the many satellite and associated conferences - http://www=2Egenetic= >scongress2003=2Ecom/satellite_conferences=2Ehtml - that will be held=2E Th= >ese include the Intelligent Systems for Molecular Biology Conference to be= > held in Brisbane, Australia (June 29-July 3, 2003)=2E ISMB is the world's= > most significant Bioinformatics conference=2E > >Submitting Abstacts > >The Genetics Congress is now calling for abstracts for poster presentation= >s=2E However, two speakers will be chosen for each Symposium based on thei= >r submitted abstracts=2E You can submit your abstract now - http://www=2Eg= >eneticscongress2003=2Ecom/satellite_conferences=2Ehtml=2E > >Registration > >Registration is also open now - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/sa= >tellite_conferences=2Ehtml=2E Take advantage of the early bird registratio= >n rate of 690 Aussie dollars (345 Aussie dollars for students) and one of = >the great accommodation - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/satellit= >e_conferences=2Ehtml - deals being offered=2E Use the currency converter -= > http://www=2Exe=2Enet/ucc/ - for a pleasant surprise on how good the exch= >ange rate will be for your currency=2E The news is even better when you se= >e what the registration fee includes - >http://www=2Egeneticscongress2003=2E= >com/reg_delegates=2Ehtml=2E > >Financial Assistance > >The Congress organizers and the International Genetics Federation are able= > to offer financial assistance - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/f= >inancialassistance=2Ehtml - to a limited number of delegates=2E Given that= > the number of applications will exceed the capacity of the fund, it is ex= >pected that most recipients will be from developing nations=2E > >Applications for assistance can be lodged online by December 12=2E > >Sponsorship and Exhibition > >The outstanding international prominence of the Genetics Congress offers s= >ponsors and exhibitors with unsurpassed promotional and marketing opportun= >ities - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/spon_ops=2Ehtml=2E > >Congress Launch in Washington D=2EC=2E > >On Monday October 14 a Congress Launch - http://www=2Egeneticscongress2003= >=2Ecom/news=2Ehtml - was held at the Australian Embassy in Washington D=2E= >C=2E The launch was sponsored by SCIENCE=2E > >Congress Promotions in Japan and the USA > >Over the last two years the Genetics Congress has been actively promoted a= >t many major Genetics Conferences around the world=2E In the next two mont= >hs look for Congress promotions at > >Molecular Biology Society of Japan - http://edpex104=2Ebcasj=2Eor=2Ejp/mbs= >j2002/e_index=2Ehtm=2E Yokohama=2E December 11-14, 2002=2E=20 > >Plant and Animal Genome Conference - http://www=2Eintl-pag=2Eorg/pag/=2E S= >an Diego, California=2E January 11-15, 2003=20 > >Future Newsletters > >Congress news bulletins will be circulated approximately once every two mo= >nths=2E For the very latest details on the Congress, please check the web = >site=2E > >Dr=2E Philip Batterham >Secretary General >XIX International Congress of Genetics > >Register Now! - http://www=2Egeneticscongress2003=2Ecom/reg_delegates=2Eht= >ml >

1 0

electrophoresis equipment
by Minna Ruokonen 03 Dec '02

03 Dec '02

Hi, There's already two of the new Sigma's electrophoresis equipment (left-most Midi and Maxi) that have problems in running due to poor contact: please pay attention how you open the lid (put your thumbs into white knobs and lift the lid straight up from the back part of the lid without bending or twisting). Cheers, Minna (nag is my middle name...) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = Minna Ruokonen = = Department of Biology = = University of Oulu = = POB 3000 = = FIN-90014 University of Oulu = = FINLAND = = = = minna.ruokonen(a)oulu.fi = = +358-(0)8-553 1802 (office) = = +358-(0)8-553 1061 (fax) = = +358-(0)40-7355770 (mobile) = = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

Muistutus vaaleista
by Jouni Aspi 03 Dec '02

03 Dec '02

Muistuttaisin niille, jotka eivät ole vielä käyneet äänestämässä, että tänään 3.12.2002 on OULUN YLIOPISTON HALLINTOELINTEN VAALIEN (http://www.hallinto.oulu.fi/vaali/index.html) äänestyspäivä. Äänestyspaikkamme on Luonnontieteellisen tiedekunnan kokoushuoneessa ja äänestää voi kello 9.00 - 16.00. Äänestää pitää hallituksen vaalissa (jossa biologina laitoksen ehdokkaana on Saarela Seppo) ja luonnontieteellisen tiedekunnan laitosneuvostovaaleissa (jossa biologian laitokselta ehdokkaina ovat Jouni Aspi, Kari Laine, Mikko Mönkkönen ja Anne Tolvanen) sekä biologian laitosneuvoston vaaleissa (ehdokkaat sivulla: http://www.hallinto.oulu.fi/vaali/ehdokkaat/lutk.html#Biologian). Jouni Aspi

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

Genetics December 2002