Genetics June 2004

genetics@lists.oulu.fi

6 participants
11 discussions

reagenssisopimus Applied Biosystemsin kanssa
by Helmi Kuittinen 21 Jun '04

21 Jun '04

hei, nykyinen reagenssisopimuksemme Applied Biosystemsin kanssa on nro. EW031104. Olemme samassa sopimuksessa biocenterin kanssa. Siinä on edellisen sopimuksemme edut lisättynä Biocenterin sopimukseen, ks. Biologian laitoksen edellinen sopimus (Oulun--Enclo-Sopimus...) ja biocenterin sopimus (Oulun --Enclo-Biocenter...) ja alla oleva Virpi Parviaisen viesti. Ohessa on myös Virpi Parviaisen tarjous koskien mahdollisen ABI3730 sekvenaattorin hankinnan yhteydessä ensitilauksessa annettavia alennuksia käyttötavaroista ja reagensseista. Esim. kokostandardit ja AFLP-tarvikkeet -20%, norm. sopimusalennus -10%. Normaalihinnasto kokonaisuudessaan on nähtävissä ABI-huoneessa. Päätös sekvenaattorikaupasta tullee kesäkuun loppuun mennessä. Jos kauppa syntyy, laite tulee kuukauden toimitusajalla. Jos näin käy, yhteinen ensitilaus voitaisiin pyrkiä tekemään elokuun alussa, siihen sisällytetään ainakin polymeeriä, puskuria, levyjä ym. joksikin aikaa eteenpäin, ja kukin voi miettiä reagenssitarvettaan. t.Helmi Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1803 fax 358-(0)8-553 1061 ---------- Forwarded message ---------- Date: Thu, 17 Jun 2004 17:41:37 +0200 From: Virpi Parviainen <Virpi.Parviainen(a)eur.appliedbiosystems.com> To: helmi.kuittinen(a)oulu.fi Subject: Biocenterin reagenssisopimus nro. EW031104 Hei Helmi, Tarkistin Biocenterin reagenssisopimuksen alennukset. Saatte reagenssisopimukseen EW031104 viittaamalla samat alennukset BDT v3.1 kiteistÃ¤ kuin v1.1:llÃ¤. Kyseiseen sopimukseen on lisÃ¤ksi lisÃ¤tty muut vanhat alennuksenne (mm. AFLP-tuotteet ja kokostandardit -10 % listahinnoista), jotka nyt siis hyÃ¶dyttÃ¤vÃ¤t kaikkia Biocenterin sopimuksen puitteissa tilaavia. Kuten puhelimessa tÃ¤nÃ¤Ã¤n kerroin, meillÃ¤ on ollut perinteenÃ¤ antaa laitetilauksen tehneille asiakkaillemme mahdollisuus tilata kertatilauksena laitteella kÃ¤ytettÃ¤viÃ¤ kulutustavaroita ja reagensseja huomattavasti reagenssisopimushintoja edullisemmin. TÃ¤mÃ¤n ensitilauksen yhteydessÃ¤ asiakas tavallisesti ostaa varastoon esim. ylimÃ¤Ã¤rÃ¤isiÃ¤ kapillaareja tai muovilevyjÃ¤, mutta usein myÃ¶s sekvensointireagensseja, ajopuskuria tai esim. kokostandaredeja. Ajattelin, ettÃ¤ sinua varmaan kiinnostaisi tietÃ¤Ã¤ minkÃ¤laisista alennuksista olisi kysymys, joten ohessa sinulle hieman esimakua: TuoteryhmÃ¤ Alennus% - Muovit eli nÃ¤ytelevyt -35% P/N N801-0560, 10 kpl/pkt (76 â^B¬ alv 0%) P/N 4306737, 20 kpl/pkt (148 â^B¬ alv 0 %) P/N 4326659, 500 kpl/pkt (3.230 â^B¬ alv 0 %) -40% - Septat D1 -20% - Ruiskut D1 -20% - Puskuri ja polymeeri D1 -20% - Formamidi D3 -25% - BigDye Terminator v1.1/v3.1 D3 -25% Tilatessanne 3 kpl 100 rxn kittejÃ¤ kerralla -35% Tilatessanne 3 kpl 1.000 rxn kittejÃ¤ kerralla -40% - Kapillaarit D7 -10% - GeneScan kokostandardit D2 -20% - ABI Prism 5â^@^Y-leimatut oligot P/N 450007, saanto 10 nmol (86 â^B¬ alv 0%) tilattessa alle 10 kpl OS -10% tilattessa 10-30 kpl OS -20% tilattessa yli 30 kpl OS -25% Kuulin Reijalta, ettÃ¤ teillÃ¤ saattaisi olla tarvetta myÃ¶s PCR-laitteille. Jos tarvitsette uusia PCR-laitteita, tulette saamaan GeneAmp PCR System 2700 ja GeneAmp PCR System 9700- malleistamme tÃ¤mÃ¤n reagenssipaketin ja laitetilauksen yhteydessÃ¤ -30 % alennuksen listahinnasta (2700 laitteen listahinta 4.800 â^B¬ alv 0 % ja 9700-laitteen yhdellÃ¤ 96-blokilla alk. 7.950 â^B¬ alv 0 %). LisÃ¤tietoja PCR-laitteistamme, saat oheisten linkkien kautta: 2700: http://europe.appliedbiosystems.com/catalog/myab/StoreCatalog/products/Cate… 9700: http://europe.appliedbiosystems.com/catalog/myab/StoreCatalog/products/Cate… Ohessa viimeisin GA-hinnastomme, jotta voit tutustua hintoihin tarkemmin. Jos tulette tekemÃ¤Ã¤n laitehankinnan, teen sinulle vielÃ¤ reagensseista ja halutessanne myÃ¶s PCR-laitteista virallisen tarjouksen. MikÃ¤li tarvitse muita lisÃ¤tietoja, autan mielellÃ¤ni. Tavoitat minut parhaiten GSM 050-381 6434. (See attached file: GAREAGEN_EUR_June 3 2004.PDF) YstÃ¤vÃ¤llisin terveisin, Virpi Virpi Parviainen Applied Biosystems Tel: +358-9-693 79 430 Fax: +358-9-693 79 426

1 0

unohtakaa edellinen viesti...
by Liisa Raisanen 15 Jun '04

15 Jun '04

Liisa Räisänen University of Oulu Department of Biology/Genetics PO.Box 3000 FIN-90014 Oulu Finland Liisa.Raisanen(a)oulu.fi fax 358 8 553 1061 tel 358 8 553 1792

1 0

Medivireen vierailu mönkään
by Liisa Raisanen 15 Jun '04

15 Jun '04

Kävi nolosti Medivireen vierailun kanssa, kun omaa väkeä ei löytynyt riittävästi. Ensi kerralla (?) kannattaisi sopia selvästi myöhäisempi ajankohta? tv: Liisa Räisänen University of Oulu Department of Biology/Genetics PO.Box 3000 FIN-90014 Oulu Finland Liisa.Raisanen(a)oulu.fi fax 358 8 553 1061 tel 358 8 553 1792

1 0

Medivireen vierailu
by Pekka Pamilo 10 Jun '04

10 Jun '04

Muistutan, että Medivireen työpaikkalääkäri ja terveydenhoitaja tekevät työpaikkakäynnin perinnöllisyystieteen tiloihin tiistaina 15.6 aamulla. Tapaaminen on PT302:ssa kello 8.30. Minulla ei ole tarkkaa ohjelmaa eikä tietoa vierailun kestosta. He haluavat myös käydä eri työpisteissä. Käynnin yhteydessä on tarkoitus käydä lävitse työterveyteen ja työskentelyoloihin liittyviä asioita. Tapaamisessa ja työpisteiden kierron yhteydessä on hyvä tuoda esille kaikki mahdolliset asiat. On myös joitain asioita, joita voimme itse helposti(?) tehdä ja joista voi keskustella ja joita käynnin jälkeen voimme yhteisesti edistää. Tällaisia esiin tulleita asioita ovat mm - työskentely- ja turvallisuusohjeet ja niihin liittyen uusien työntekijöiden (myös opiskelijoiden) opastus - työterveydenhuolto apurahatutkijoille ja yleensä henkilöille, joilla ei ole työmääräystä (koskee usein myös vierailijoita) Toivon, että mahdollisimman moni voisi osallistua tiistaina tapaamiseen (se on avoin kaikille jotka täällä työskentelevät, myös opiskelijoille). Tilaisuus menee osin päällekkäin Bayes-kurssin kanssa, mutta sille ei mahda mitään. Pekka

1 0

sekvensointi
by Minna Ruokonen 07 Jun '04

07 Jun '04

Moi, Auli Karhu pyysi kyselemään sekvensointiongelmista meillä. Biomedicumissa useammalla ryhmällä ja ilmeisesti myös Viikissä on kiinnitetty huomiota vääriin heterotsygootteihin suorasekvensoinnissa (esim. sama näyte ajettu 4 kertaa, eri nukleotideja heterotsygoottisena eri toistoissa: lähes joka kerta eri tulokset) ja tuplapiikkeihin klooneissa. Usein muutos on ollut G=>A tai C=>T (kirottua!), ja ongelma viittaa siihen, että vika on kemikaaleissa. Siellä on käytössä v3.1 kuten useimmilla meistäkin kai on. Jos olette huomannut jotain vastaavaa täällä, ottakaa yst. yhteyttä Auliin (auli.karhu(a)helsinki.fi) mahd. pian, aikovat pitää palaveria asiasta huomenna firman kanssa. Minna = = = = = = = = = = = = = = = = = = = Minna Ruokonen = = Department of Biology = = University of Oulu = = POB 3000 = = FIN-90014 University of Oulu = = FINLAND = = = = minna.ruokonen(a)oulu.fi = = +358-(0)8-553 1802 (office) = = +358-(0)8-553 1061 (fax) = = +358-(0)40-7355770 (mobile) = = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

[Lamarc-announce] Lamarc version 1.2.1 (fwd)
by Minna Ruokonen 05 Jun '04

05 Jun '04

---------- Forwarded message ---------- Date: Fri, 4 Jun 2004 13:57:06 -0700 From: The Lamarc Development Team <lamarc(a)gs.washington.edu> To: lamarc-announce(a)gs.washington.edu Subject: [Lamarc-announce] Lamarc version 1.2.1 We have just released version 1.2.1 of the LAMARC program (part of the LAMARC package). LAMARC uses genetic data from a population to estimate several population parameters: size of subpopulations, subpopulation growth rates, migration rates among subpopulations, and overall recombination rate. The algorithm is Metropolis-Hastings MCMC; we search through a wide space of genealogies representing the possible histories of the data. Suitable data for this program includes DNA or RNA sequences, SNPs, or microsatellites. Phase may be known or (with some loss of power) unknown. We had a brief and unsatisfactory release of version 1.2 several months ago, which is why this release is 1.2.1. If you are one of the few people who obtained copies of 1.2, please replace them. Version 1.2.1 adds: Population growth and shrinkage. LAMARC can now estimate population growth or shrinkage using an exponential model. In cases with population subdivision, a separate growth rate is estimated for each subpopulation. GTR model for DNA, RNA and SNP data. LAMARC can now use the General Time-Reversible model of nucleotide sequence evolution. The best way to use this feature is to estimate the GTR rates with a program such as PAUP* and import them into LAMARC. Performance improvements. Maximization of the likelihood surface is now faster and much more reliable, and the program is faster overall. It has also been updated to recent C++ standards and will compile correctly on a wider variety of systems. LAMARC is written in C++. We distribute source as well as executables for Linux, Windows and MacOS. To obtain the program or simply learn more about it, visit our web site: http://evolution.genetics.washington.edu/lamarc.html or our anonymous ftp site: evolution.genetics.washington.edu, directory /pub/lamarc You are receiving this message because you registered a copy of LAMARC and specifically asked to receive update messages. If you no longer want them, send a message to lamarc-announce-request(a)gs.washington.edu with the subject 'unsubscribe', or visit the lamarc-announce web page at http://evolution.gs.washington.edu/mailman/listinfo/lamarc-announce or let us know directly by emailing lamarc(a)gs.washington.edu and we will remove you from the list. The LAMARC development team: lamarc(a)gs.washington.edu Mary Kuhner Peter Beerli Jon Yamato Eric Rynes Lucian Smith Elizabeth Walkup Kuhner/Felsenstein Lab Department of Genome Sciences University of Washington Box 357730 Seattle, WA 98195-7730 ____________________________________ Lamarc-announce mailing list Lamarc-announce(a)evolution.gs.washington.edu http://evolution.gs.washington.edu/mailman/listinfo/lamarc-announce http://evolution.gs.washington.edu/lamarc.html

1 0

Short Bayesian course
by Tanja Pyhajarvi 04 Jun '04

04 Jun '04

Information on Short Bayesian Course is available in the web: <http://www.rni.helsinki.fi/~boh/Teaching/OuluBayes.html> Tanja ------------------------ Tanja Pyhajarvi University of Oulu Department of Biology PO Box 3000 90014 OULUN YLIOPISTO FINLAND ------------------------ +358-8-553 1800 ------------------------ tanja.pyhajarvi(a)oulu.fi ------------------------ http://cc.oulu.fi/~genetwww/plants/ ------------------------

1 0

Perinnöllisyystieteen työpaikkaselvitys
by Pekka Pamilo 03 Jun '04

03 Jun '04

>Medivireen työpaikkaselvitys / A meeting on occupational health in genetics Medivire on kuluneen kevään aikana tehnyt työterveyshuoltoon liittyviä selvityksiä ja käyntejä biologian laitoksen eri laboratorioissa. Tiistaina 15.6 on perinnöllisyystieteen vuoro. Tapaaminen on seminaarisalissa PT302 tiistaina aamullakello 8.30. Ohessa Brita Toiviaisen viesti asiasta. Pekka >Sovitusti pidämme klo 8.30 alkaen alkupalaverin,mihin toivon >mahdollisimman runsasta osanottoa.Työterveyshuolto kuuluu Yliopistolla >työsuhteessa oleville, muttei meidän kannalta ole estettä, vaikka >palaverissa olisi myös opiskelijoita. Sen voitte itse päättää. >Palaverissa esittelen aikaisemmista perinnöllisyytieteellä tehdyistä >työpaikkaselvityksistä yhteenvedon ja palautteen nyt tehdystä >riskikartoituksesta. Mukaan tulee myös työterveyslääkäri Riitta Mäkelä. >Mielellämme kuulemme, mitä odotuksia, toiveita henkilöstöllä on >työterveyshuollolle. >Palaverin jälkeen katsomme työtä, työtiloja, jotta saisimme jonkinlaista >kuvaa nykytilanteesta. Aina parempi, mitä enemmän on henkilöitä tekemässä >työtään, jolloin saamme monipuolisemman kuvan toiminnasta. >Hyvä olisi olla mukana myös joku työsuojelun henkilökin. Mitä kuuluu >sisäilmarintamalle? > >Yhteistyöterv. Brita Toiviainen

1 0

Fwd: EBC: Graduate course on sequence data analysis
by Pekka Pamilo 01 Jun '04

01 Jun '04

Information on a course in Uppsala in two parts (September and March). This probably overlaps (partly) with the course in Oulu last December. Pekka >Graduate course: Analysis of sequence data (in two parts). > >Part I: Basic coalescent theory (Paul Joyce, University of Idaho, USA, and >Martin Lascoux, EBC). September 6-10 2004 >Part II: Applications (Gil McVean, University of Oxford, UK and Martin >Lascoux, EBC). Spring 2005. Tentative date: 14/3-17/3 (this may change >later on). > >Credits: 4 points (2 for attendance + 2 for homework). If only one part is >attended 2 points. > >Aim of the course: Introduce the necessary theoretical background to carry >out the analysis of DNA sequence data (part 1) and go through various >applications (estimation of population recombination rate, detection of >recombination hotspots, detection of selection, estimation of past >demographics, part 2). > >Target group: Students studying evolutionary biology in general, >especially those using genetics. The course will also be relevant for >students working in gene mapping. > >Recommended background: Basic knowledge of genetics, basic knowledge >of basic probability and statistics > >Content: Lectures, Exercises, Computer based assignments. Simulation and >analysis of empirical datasets. > >Preliminary outline: > >Part I >Intro, basic probability, stochastic processes, statistics. >The standard coalescent >Estimation of parameters. Computationally simple methods. >Estimation of parameters. Computationally intensive methods >Extension of the coalescent: Recombination and selection graphs > >Part II >The coalescent: a reminder >Modelling and detecting selection >Recombination: Estimating the population recombination rate >LD and haplotypes. Haplotype blocks >Association mapping > >Registration: Send an email to Martin Lascoux at Martin.Lascoux(a)ebc.uu.se >before August 1. You can register for only one part, but I strongly >recommend attending both as they complement each other. For those coming >from other universities please note that we do not arrange housing. > >Both Paul and Gil are outstanding teachers. Paul already gave a course at >the EBC a few years ago along the same lines. Here is one of the many >positive comments on the course: "cheers for a great course which gave me >lots of ideas for analysing data and thinking about polymorphism. As I >mentioned at the time, I really wish I had gone to such a course when I >was a postgrad" (one of the postdoctoral fellow that attended the course). > >Welcome! > >Martin > >Martin Lascoux >Program in Conservation Biology & Genetics >Evolutionary Biology Centre >Uppsala University >Norbyvägen 18D 752 36 UPPSALA >SWEDEN > >Tel: 46 18 471 64 16 >Fax: 46 18 471 64 24

1 0

Fwd: temp. lecturer position Turku
by Pekka Pamilo 01 Jun '04

01 Jun '04

>Please find below, details of a temporary genetics lecturer position at >the University of Turku, in the division where I will commence as >Professor in Genetics from 1.1.2005. > >I would appreciate it if you could forward the information to any >colleagues with experience in genetics teaching and research who may be >interested. Inquiries about the position can also be directed to me. > >All the best > >Craig > > >********************************************************** > >Avoimen viran/toimen nimi Genetiikan lehtori >Viran/toimen laji Tutkimus ja opetus >Sijainti Matemaattis-luonnontieteellinen >Haku päättyy 22.6.2004 >Viran/toimen kuvaus ja lisätiedot > >Matemaattis-luonnontieteelliseen tiedekuntaan kuuluvassa biologian >laitoksessa julistetaan haettavaksi >genetiikan lehtorin määräaikainen virkasuhde (A 24), ajaksi 1.9. >2004-31.12.2005 > >Lehtorin (mvs) tehtäviin kuuluvat genetiikan opetus ja tutkimus sekä muut >tehtävät vuosittain laadittavan suunnitelman mukaisesti. > >Hakemukset osoitetaan tiedekunnan dekaanille ja toimitetaan osoitteella: >Biologian laitos, Kanslia, 20014 TURUN YLIOPISTO (käyntiosoite >Luonnontieteiden talo 1, 2. krs,) 22.6.2004 kello 15.45 mennessä. >Hakemuksia ei palauteta. > >Lisätietoja antavat >prof. Seppo Nokkala >02 333 5808, >02 333 5572 >seppo.nokkala(a)utu.fi > >tai > >craig.primmer(a)helsinki.fi >Craig Primmer >Academy Fellow >Department of Biological and Environmental Sciences >P.O. Box 65 (Biocentre 3, Viikinkaari 1) >FIN-00014 University of Helsinki >FINLAND >tel. +358 9 191 57685 >fax. +358 9 191 57694 >email: craig.primmer(a)helsinki.fi >http://www.helsinki.fi/~primmer >-----------------------------------------------------------

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

Genetics June 2004