Genetics October 2009

genetics@lists.oulu.fi

3 participants
4 discussions

VL: PCR-laitehankinta
by Helmi Kuittinen 28 Oct '09

28 Oct '09

Hei, alla on tietoa Applied Biosystemsin gradienttiPCR-laitteesta, hinta alle 6000 euroa. terv. Helmi ________________________________ Lähettäjä: Lindholm, Noora [mailto:Noora.Lindholm@lifetech.com] Lähetetty: pe 23.10.2009 12:44 Vastaanottaja: Helmi Kuittinen Aihe: FW: PCR-laitehankinta Tässä vielä se linkki: http://marketing.appliedbiosystems.com/mk/get/VERITI_MS_LANDING?isource=fr_… From: Lindholm, Noora Sent: 23. lokakuuta 2009 12:26 To: 'Helmi Kuittinen' Subject: RE: PCR-laitehankinta Heippa, kävin ohjelmoimassa nämä meidän Veriti demolaitteeseen, joka on käytössä nyt tuolla Viikissä Biotekniikan instituutissa. Tuo mikrosatelliittiohjelman ajoaika oli 1 h 4 min ja fragmentin monistuksen aika oli 1 h 19 min. Nämä voivat vielä todellisessa ajossa muuttua hiukan kun on oikea levy sisällä. Mutta eivät ne kovin paljon heitä kuitenkaan. Myös kyselin tuolta Viikin sekvensointipalvelulabrasta heidän kokemuksiaan Veriti-laitteesta. He ovat sitä nyt käyttäneet ahkerasti muutamien kuukausien ajan ja ajaneet erilaisia sekvensointireaktio- ja fragmenttireaktioita ja lisäksi kokeilleet muita rutiinisti käytössä olevia protokollia. He ovat myös kokeilleet eri primeriparien ajoa samassa blokissa segmenttien avulla (blokissa on kuusi segmenttiä omilla Peltier-elementeillä ja näihin voi ohjelmoida eri annealing-lämpötilan) ja ovat olleet tyytyväisiä tähän että pystyvät yhdistämään eri PCR-ajoja yhteen, jos on paljon eri primeripareja mutta vähän näytteitä. Tämä mahdollistaa suuremman kapasiteetin ja laitteen suuremman käytön sekä tietysti nopeuttaa tuloksien saamista. Laitan tässä yhteenvedon heidän kokemuksistaan: 1) NOPEA JA MONIKÄYTTÖINEN - Veriti PCR-laitteessa voi käyttää standardikulutustavaraa (putkistripit, helmattomat ja puolihelmalliset 96-kuoppalevyt yms.) - Fast sequencing protokollan mukaisesti PCR-ajot Veritillä 40 minuutissa (normaali sekvensointireaktion ajo n. 120 min) - Testauksessa Anu ja Matias ovat huomanneet, että: * Veriti on nopeampi kuin Finnzymesin Pico (standardiajollakin) * ajot vähintään 45 minuuttia nopeampia kuin 9700 PCR-laitteella (tämä on se meidän vanhempi laitemalli, mitä teilläkin taitaa olla siellä) * mahdollistaa 4 levyä päivässä enemmäin kuin 9700 * yhdellä laitteella voi ajaa useampia eri alukepareja samassa ajossa-> 6 eri segmenttiä mahdollistaa eri annealing-lämpötilat sekvensointireaktioiden teossa -> throughput kasvaa -> analyysinopeus kasvaa, tarvitaan vähemmän laitteita samanaikaisesti -> laitteiden kulutus pienenee, laitteet kestävät pidempään - Veriflex-blokki mahdollistaa PCR-laitteen käytön vaikka joku blokin 6 peltier-elementistä hajoaisi, koko blokki ei mene vaihtoon (voi olla tärkeä ominaisuus ruuhkatilanteissa) 2) KESTÄVÄ - 6 segmentillä on kullakin oma peltier elementti -> elementit kestää paremmin kulutusta, kalibrointi on tarkempi - laitteen tehokas ilmastointi säästää peltier-elementtejä - Jokaisen Veriflex-blokin segmentin peltier-elementti on erikseen vaihdettavissa, esim. jos yksi elementeistä rikkoontuu, 5 muuta segmenttiä voi edelleen käyttää - stand-by energiankulutus nolla - ei kuluvia, rikkoutuvia osia (esim. blokin kansi suljetaan viputoiminnolla, eri käyttäjät eivät voi sulkea kantta erilailla mitä tapahtuu esim. kantta ruuvatessa) - takuu 2 vuotta 3) HELPPOKÄYTTÖINEN - ohjelmoitavuus erittäin helppo - Veriti PCR-laitteet voidaan kytkeä sarjaan ja käynnistää sama ohjelma useampaan laitteeseen yhdeltä pääkoneelta, vastaa moniblokkista laitetta 4) HUOLTO - Veriti PCR-laitteet korjataan Repair Centerissä, varalaite toimitetaan 2 työpäivän sisällä (48 tuntia) takuuaikana. Jos ottaa huoltosopimuksen niin saman ominaisuuden saa myös liitettyä huoltosopimukseen. Ohessa myös vaihtotarjous Veriti-laitteesta. Eli jos teillä on vanha/rikki oleva laite niin me vaihdamme sitä vastaan sitten uuden Veritin tilalle hintaan 5699 eur (ALV 0%). Vanha laite voi olla minkä tahansa merkkinen. Ohessa myös esite sekä linkki tarkempiin tietoihin laitteesta. Katso näitä ja kerro mitä mieltä laitteesta olet. Kerron vielä lisää, jos sinulla on kysymyksiä! T: Noora From: Helmi Kuittinen [mailto:Helmi.Kuittinen@oulu.fi] Sent: 16. lokakuuta 2009 11:58 To: Lindholm, Noora Subject: VS: PCR-laitehankinta Hei, tässä pari PCR-profiilia joita käytämme. Mikrosatelliitit (10 ul): 95 ast 2 min 35 kierrosta seuraavia: 95 ast 20s 51 ast 30 s 72 ast 10 s lopuksi 72 ast 5 min n. 700 bp fragmentin monistus (20ul) 94 ast 2 min 35 kierrosta seuraavia: 94 ast 30s 57 ast 45 s 72 ast 10 s lopuksi 72 ast 8 min t. Helmi Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061 ________________________________ Lähettäjä: Lindholm, Noora [mailto:Noora.Lindholm@lifetech.com] Lähetetty: pe 16.10.2009 10:07 Vastaanottaja: Helmi Kuittinen Aihe: PCR-laitehankinta Hei Helmi, Olen ollut yhteydessä Hannele Parkkiseen ja hän on kysellyt tarjousta PCR-laitteesta, jossa on gradienttiominaisuus. Meillä on tulossa hyvä trade in kampanja, jossa vaihdamme vanhan/rikkinäisen laitteen uuteen laitteeseen. Tämä kampanja tulee olemaan nyt voimassa vain tämän vuoden puolella (mahdollisesti loppuu jo ennen joulua). Ajattelin että tämä voisi olla sopiva myös teille, mutta onko teillä jotain vanhaa tai rikkinäistä laitetta (merkillä ja valmistajalla ei ole väliä)? Pystyisimmekö hyödyntämään tätä? Ja pystyttekö tekemään hankintaa tämän vuoden puolella? Lisäksi toivoisin tarkempaa tietoa teidän aikataulustanne sillä se vaikuttaa tietenkin tarjouksen voimassaoloaikaan. Pystyttekö tekemään päätöksen tarjouksien perusteella vai teettekö vielä virallisen julkisen hankintakierroksen? Entä onko jotain muita asioita jotka vaikuttava hankintaan? Mukavaa viikonloppua, Noora Noora Lindholm Molecular and Cell Biology Sales Finland T +358 9 693 794 27 F +358 9 693 794 26 noora.lindholm(a)lifetech.com www.appliedbiosystems.com This communication is intended solely for the individual/entity to whom it is addressed. It may contain confidential or legally privileged information. Any unauthorized disclosure or copying is prohibited and may be unlawful. If you have received this communication in error, please notify the sender immediately and delete it from your system.

1 0

FW: [Fwd: Plotting coordinates on a map]
by Sonja Kujala 19 Oct '09

19 Oct '09

Dear all, can anyone suggest a program/tool to make a plot on a map from a list of lat/long coordinates? Something simple and free would be preferable. I'm sure I am not the only one who needs this kind of tool. :) Thanks in advance! Regards Tanja Pyhäjärvi

1 0

Eppendorf esittely 22.10. klo 13.15
by Helmi Kuittinen 19 Oct '09

19 Oct '09

Hei, Ursula Malm Eppendorfilta tulee torstaina 22.10. klo 13.15 Genetiikan kahvihuoneeseen esittelemään Eppendorf-tuotteita, mm. PCR-laitteita. Tervetuloa kaikki kiinnostuneet! (Pullaakin taisi olla luvassa:) terv. Helmi Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061

1 0

FW: Renewing GENETICS: a message from The Editors
by Jouni Aspi 13 Oct '09

13 Oct '09

>-----Original Message----- >From: GENETICS Editorial Office [mailto:genetics-gsa@andrew.cmu.edu] >Sent: 12. lokakuuta 2009 18:39 >To: GENETICS' Reviewers >Cc: Mark Johnston; tracey depellegrin connelly >Subject: Renewing GENETICS: a message from The Editors > >Dear Colleagues: > >Attached is an editorial from the September issue of GENETICS that >describes >the progress we've made renewing our journal (also at: >http://www.genetics.org/cgi/content/full/183/1/3). > >We are pleased with the significant improvement in the average time from >submission to first decision. At 35 days, it is the best turnaround time >since the journal began keeping records. This is largely due to your >efforts; we're grateful for your dedication to our journal. > >Note also our increasing standards. We rely on you to maintain < hopefully >improve < the quality and significance of papers published in our journal, >and we appreciate your collaboration in this cause. Your efforts are >well-invested in GENETICS because all decisions on manuscripts are made, >based on your recommendation, by editors who are practicing scientists < >peers of you and the authors (see >http://www.genetics.org/cgi/content/full/181/2/355). > >As always, we welcome your feedback and ideas as our journal continues to >evolve. > >Best wishes on behalf of the Senior and Associate Editors, > >Mark Johnston, Editor-in-Chief >Tracey DePellegrin Connelly, Executive Editor > > >-- >Mark Johnston >Department of Biochemistry & Molecular Genetics >University of Colorado-Denver >Anschutz Medical Campus >Mail Stop 8101, P.O. Box 6511 >Aurora, CO 80045 >Phone 303-724-3201 >Fax 303-724-3215 >E-mail: Mark.Johnston(a)ucdenver.edu > > >-- >Tracey DePellegrin Connelly >Executive Editor >GENETICS >td2p(a)andrew.cmu.edu >412.268.1812 p >412.268.1813 f >412.760.5391 mobile > >Journal Website >www.genetics.org > >Submit a manuscript or a review >submit.genetics.org > >Genetics Society of America >9650 Rockville Pike >Bethesda MD 20814-3998 >301-634-7300 | 1-866-486-GENE p >www.genetics-gsa.org

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

Genetics October 2009