Genetics March 2009

genetics@lists.oulu.fi

4 participants
6 discussions

[BioClients] R/Bioconductor and Chipster courses at CSC (fwd)
by Minna Ruokonen 30 Mar '09

30 Mar '09

---------- Forwarded message ---------- Date: Mon, 30 Mar 2009 16:06:37 +0300 From: Eija Korpelainen <eija.korpelainen(a)csc.fi> To: bioclients(a)postit.csc.fi Subject: [BioClients] R/Bioconductor and Chipster courses at CSC Dear CSC bioinformatics user, Please note that the following courses on R/Bioconductor and Chipster are organized this spring at CSC. For more information and registration, please see http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/Courses_and_events/u… * 16.-17.4.2009 Microarray data analysis with Chipster * Chipster (http://chipster.csc.fi/) allows you to perform DNA microarray data analysis with R/Bioconductor and other tools through a graphical user interface. It supports Affymetrix, Illumina, Agilent, and cDNA platforms, including miRNA arrays and the new Illumina HT-12 arrays. Chipster offers a comprehensive collection of analysis and visualization tools, and it allows users to save and share automatic analysis workflows. Chipster is free of charge for university researchers. * 2.-5.6.2009 DNA expression microarray data analysis using R and Bioconductor * This hands-on course covers the analysis of DNA microarray expression data using the R and Bioconductor software. We start from the raw data and end up with a list of differentially expressed genes with some ideas on the pathways and biological processes that might have been active during the experiment. No previous familiarity with R is required, but it is beneficial to have some basic knowledge of DNA microarrays. Best regards, Eija Korpelainen _____________________________________________ Eija Korpelainen, Ph.D Application services / Bioinformatics CSC - Center for Scientific Computing P.O.Box 405, FIN-02101 Espoo, Finland Phone +358 9 457 2030 Mobile +358 50 381 9726 Fax +358 9 457 2302 E-Mail Eija.Korpelainen(a)csc.fi _____________________________________________

1 0

Xerox
by Minna Ruokonen 30 Mar '09

30 Mar '09

Dear all, I've switched off the Xerox copy machine and ordered the service, once again. Minna = = = = = = = = = = = = = = = = = = = Minna Ruokonen = = Department of Biology = = POB 3000 = = FIN-90014 University of Oulu = = FINLAND = = = = minna.ruokonen(at)oulu.fi = = +358-(0)8-553 1807 (office) = = +358-(0)8-553 1061 (fax) = = = = http://cc.oulu.fi/~mruokone/ = = http://www.flcrp.org/ = = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

Fwd: sekvensointi
by Hannele Parkkinen 24 Mar '09

24 Mar '09

Hei, tälläinen viesti tuli minulle. Ottakaa Marja-Leena Hellmaniin yhteyttä mikäli kiinnostusta asiaan löytyy. t.Hannele ----- Edelleenvälitetty viesti lähettäjältä Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi ----- Päiväys: Tue, 24 Mar 2009 10:56:18 +0200 Lähettäjä: Marja-Leena Hellman <Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi> Vastausosoite: Marja-Leena Hellman <Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi> Otsikko: sekvensointi Vastaanottaja: hannele.parkkinen(a)oulu.fi Hei, olin viime viikolla vierailulla Biologian laitoksella kasvitieteen puolella. Paikalla olivat Laura Jaakola ja Marko Suokas. Meillä on ollut keskustelua sekvensointireaktioiden puhdistamisesta ja robotiikan hyödyntämisestä tässä yhteydessä. Kuulin, että sinä vastaat perinnöllisyystieteen puolella sekvensoinnista. Laura uskoi teidän puolella olevan myös kiinnostusta aiheeseen. Reagenssit, joista olemme puhuneet, ovat Agencourtin (Beckman Coulterin omistama). Puhdistus tapahtuu magneettibeadien avulla. Beadit ovat hyvin pieniä, noin 1 um, jolloin sitomiskapasiteetti on suuri ja liuos pysyy myös tästä syystä homogeenisena, eikä sedimentoitumista tapahdu. Prosessi tapahtuu magneettileyillä, joissa muodostuu rengasmainen pelletti ja epäpuhtaudet voidaan helposti pipetoida kuopan pohjalta. Puhdistus tehdään samalla levyllä, jossa pcr reaktio ja tuotteet voidaan myös injektoida ABIlle tältä levyltä adapterin avulla. Menetelmä on erittäin tehokas ja sen avulla päästään alhaisiin BigDye konsentraatioihin. Tulokset ovat myös tasalaatuisia ja ja lukupituus hyvä. Nämä ovat varmasti tärkeita asioita sekvensointipalvelulle. Ohessa data sheet CleanSeq kitistä ja lisää infoa löytyy Agencourtin sivuilta www.agencourt.com <http://www.agencourt.com/> Toivottavasti sinulla olisi hetki aikaa tutustua tähän ja voitaisiin keskustella asiasta lisää. Ystävällisin terveisin Marja-Leena Hellman Marja-Leena Hellman Tuoteryhmäpäällikkö Ordior Oy Konalantie 47 A 00390 Helsinki Puh: 09 530 80014 Matkapuhelin: 040 537 6966 marja-leena.hellman(a)ordior.fi <mailto:marja-leena.hellman@ordior.fi> www.ordior.fi <http://www.ordior.fi/> ----- Välitetty viesti päättyy ----- Hei, olin viime viikolla vierailulla Biologian laitoksella kasvitieteen puolella. Paikalla olivat Laura Jaakola ja Marko Suokas. Meillä on ollut keskustelua sekvensointireaktioiden puhdistamisesta ja robotiikan hyödyntämisestä tässä yhteydessä. Kuulin, että sinä vastaat perinnöllisyystieteen puolella sekvensoinnista. Laura uskoi teidän puolella olevan myös kiinnostusta aiheeseen. Reagenssit, joista olemme puhuneet, ovat Agencourtin (Beckman Coulterin omistama). Puhdistus tapahtuu magneettibeadien avulla. Beadit ovat hyvin pieniä, noin 1 um, jolloin sitomiskapasiteetti on suuri ja liuos pysyy myös tästä syystä homogeenisena, eikä sedimentoitumista tapahdu. Prosessi tapahtuu magneettileyillä, joissa muodostuu rengasmainen pelletti ja epäpuhtaudet voidaan helposti pipetoida kuopan pohjalta. Puhdistus tehdään samalla levyllä, jossa pcr reaktio ja tuotteet voidaan myös injektoida ABIlle tältä levyltä adapterin avulla. Menetelmä on erittäin tehokas ja sen avulla päästään alhaisiin BigDye konsentraatioihin. Tulokset ovat myös tasalaatuisia ja ja lukupituus hyvä. Nämä ovat varmasti tärkeita asioita sekvensointipalvelulle. Ohessa data sheet CleanSeq kitistä ja lisää infoa löytyy Agencourtin sivuilta www.agencourt.com <http://www.agencourt.com/> Toivottavasti sinulla olisi hetki aikaa tutustua tähän ja voitaisiin keskustella asiasta lisää. Ystävällisin terveisin Marja-Leena Hellman Marja-Leena Hellman Tuoteryhmäpäällikkö Ordior Oy Konalantie 47 A 00390 Helsinki Puh: 09 530 80014 Matkapuhelin: 040 537 6966 marja-leena.hellman(a)ordior.fi <mailto:marja-leena.hellman@ordior.fi> www.ordior.fi <http://www.ordior.fi/>

1 0

Genetics seminar 19.3.
by Helmi Kuittinen 16 Mar '09

16 Mar '09

Hi all, We will have Genetics seminar on Thursday 19.3. 12-13 SÄ102 Dos. Mikko J. Sillanpää, Matematiikan ja tilastotieteen laitos, Helsingin Yliopisto "Association analysis and biomarker identification based on marker-expression-proteomics data." Mikko will talk mainly about his and his collegues work in Bhattacharjee, M., C. H. Botting, and M. J. Sillanpää (2008) Bayesian biomarker identification based on marker-expression-proteomics data. Genomics 92: 384-392. where they analyze chronic fatique syndrome data. This work has been commented in the link "CFIDS Association of America" http://www.cfids.org/cfidslink/2008/100803.asp <https://owa.oulu.fi/exchweb/bin/redir.asp?URL=http://www.cfids.org/cfidslin…> and in the link "CDC, U.S. Department of Health and Human Services" http://www.cdc.gov/cfs/publications/molecular_19.htm <https://owa.oulu.fi/exchweb/bin/redir.asp?URL=http://www.cdc.gov/cfs/public…> WELLCOME! __________________________________________________ We´ll have two other genetics seminars later this spring: 30.4. (12-13 SÄ102) Dr. Komlan Avia University of Oulu "Diversity and QTL mapping for freezing tolerance in the model legume Medicago truncatula and candidate gene approach" 28.5. (12-13 SÄ102) Dr. Rodrigo Esparza-Salas University of Oulu "Evolution of MHC genes of Estrildid finches through gene conversion and selection". Regards, Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061

1 0

sisäilmakysely
by Outi Savolainen 13 Mar '09

13 Mar '09

Huom Geneetikot Jos ette vielä vastannneet sisäilmakyselyyn, VASTATKAA MIELELLÄÄN VÄLITTÖMÄSTI - ASIA ON TÄRKEÄ TERV. oUTI > >Sisäilmakysely on kariutumassa, koska vastauksia ei ole tullut riittävästi. >Vastausprosentin tulee olla vähintään 66%. Haluammehan realistisen kuvan >siitä, millaisena laitoksen työntekijät kokevat sisäilman laadun. Tämä on >meidän kaikkien etu. > >Alla olevasta näette kunkin yksikön vastausprosentin. Vetoan siis edelleen >niihin henkilöihin, jotka eivät vielä ole vastanneet sisäilmakyselyyn. Kyse >on vain muutamasta henkilöstä, joiden toimimista yhteiseksi hyväksi nyt >tarvitaan. > >Erityisesti Outi Savolaisen ja Jouni Aspin tulee patistaa omaa >henkilökuntaansa vastaamaan kyselyyn. Ei ole haitaksi, jos eläintieteenkin >vastausprosentti nousee yli 66. Voiko Markkukin hieman patistella? > >http://digiumenterprise.com/answer/?inv=12881209&chk=PDXTGHGQ > > >- Seppo Saarela - > >> EM > >> 14/22 64% > >> ET > >> 21/32 66% > >> PT > >> 22/37 59% > >> KS > >> 29/38 76% > >************************ > >Hyvä vastaanottaja, > >Oulun yliopiston toimeksiannosta Työterveyslaitos suorittaa työpaikallanne >sisäilmastokyselyn. Sisäilmastokysely on Ruotsin Örebrossa kehitetty >tutkimusmenetelmä, jolla voidaan selvittää rakennusten sisäilmasto- >ongelmien esiintymistä ja vakavuutta. Samalla saadaan tietoa ongelman >mahdollisista aiheuttajista. Työterveyslaitoksen sisäilmastokysely perustuu >Örebro-kyselylomakkeeseen. > >Tällä kyselyllä pyrimme saamaan esiin henkilökohtaiset kokemuksesi >työpaikkasi sisäilmastosta ja sinulla esiintyneistä vaivoista ja oireista. >Kyselyssä tarkastellaan tilannetta viimeisen 3 kuukauden aikana. Jos olet >ollut kyseisessä työpaikassa alle 3 kuukautta, et valitettavasti voi >osallistua tähän kyselyyn. > >Sisäilmastokyselyn vastaukset analysoidaan Työterveyslaitoksella. >Vastausten perusteella laaditaan yhteenveto taulukoina ja kuvina, ja >tulosten perusteella sisäilmastokysymyksiin perehtynyt lääkäri antaa >lausunnon tuloksista. Lomakkeet käsitellään luottamuksellisesti. >Yksittäiset vastaukset eivät tule esiin. > >Toivomme, että varaat aikaa kyselyn yhtäjaksoiseen vastaamiseen vaikka >lomakkeen täytön keskeyttäminen ja myöhemmin uudelleen jatkaminen onkin >mahdollista. Lomakkeeseen vastaaminen vie aikaa 5-10 minuuttia. > >Vastaathan kyselyyn mahdollisimman pian, viimeistään 21.02.2009. > > >Vastaa kyselyyn klikkaamalla linkkiä: > >http://digiumenterprise.com/answer/?inv=12881209&chk=PDXTGHGQ > >Jos linkki ei aukea klikkaamalla, kopioi se selaimen osoiteriville hiiren >avulla. Linkki on henkilökohtainen, joten sitä ei voi jakaa muille. >Tutkimukseen voi vastata vain kerran. > >Lisätietoja antavat erityisasiantuntija Pauliina Virtema (p. 030 - 474 >8672, pauliina.virtema(a)ttl.fi) ja ylilääkäri Jukka Uitti (p. 030 - 474 >8655, jukka.uitti(a)ttl.fi ). > > > >KIITOS VASTAUKSESTASI! _______________________________________________ Biolaitos mailing list Biolaitos(a)lists.oulu.fi http://lists.oulu.fi/mailman/listinfo/biolaitos

1 0

copy machine PT305
by Minna Ruokonen 06 Mar '09

06 Mar '09

Hi all, the Xerox copy machine/printer has now been fixed, there were two broken parts which have been replaced and it should be ok now. We have a maintenance contract with Xerox meaning that whenever they come and fix something, it does not cost us any extra. Therefore, it would be good if the first person who notices that the copy machine is not ok could call and ask them to come. The telephone number, serial number and model number can be found from a paper next to the machine. Earlier, it has been Petri Kärkkäinen who has called them, but the problem is that he is not a user and often cannot describe the problem in detail. Therefore the maintenance has not been very efficient, as you might have noticed. Petri still takes care of ink refill etc. Cheers, Minna = = = = = = = = = = = = = = = = = = = Minna Ruokonen = = Department of Biology = = POB 3000 = = FIN-90014 University of Oulu = = FINLAND = = = = minna.ruokonen(at)oulu.fi = = +358-(0)8-553 1807 (office) = = +358-(0)8-553 1061 (fax) = = = = http://cc.oulu.fi/~mruokone/ = = http://www.flcrp.org/ = = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

Genetics March 2009