Aihe: GCG will be removed from CSC!
Same message is in English after the Finnish text.
Hyvä GCG ohjelmiston käyttäjä
GCG on poistumassa CSC:n ohjelmistovalikoimasta. Neuvottelut ohjelmiston myyjän kanssa ovat yhä kesken, mutta on mahdollista, että ohjelmiston käyttö lakkaa jo vuoden 2003 alusta!
GCG-sekvenssianalyysiohjelmisto on ollut eräs CSC:n eniten käytetyistä ohjelmistoista. GCG-paketin kehitys on kuitenkin viimeisten vuosien aikana käytännössä pysähtynyt, kun taas akateemista EMBOSS ohjelmistoa (European Molecular Biology Open Software Suite) on kehitetty aktiivisesti. Nykyisellään EMBOSS kattaa lähes kaikki GCG-ohjelmiston toiminnot ja sisältää lisäksi useita toimintoja ja analyysimenetelmiä, joita GCG:ssä ei ole. EMBOSS pystyy käsittelemään sekvenssidataa useissa eri formaateissa, joten se soveltuu hyvin yhteen muiden CSC:llä käytettävien sekvenssianalyysiohjelmien kanssa (esim. Clustal ja Phylip ohjelmistot). Akateemiseen EMBOSS-ohjelmaan ei liity käyttöä rajoittavia lisenssiehtoja, joten tutkijat voivat käyttää sitä yhtä hyvin CSC:n palvelimilla kuin omalla koneellakin.
Miten siirryn GCG:stä EMBOSS-käyttäjäksi?
- SeqWeb käyttäjät.
CSC:n kehittämässä Tutkijan käyttöliittymä -nimisessä www-palvelussa on laaja valikoima sekvensstyökaluja (mm. yli 120 EMBOSS ohjelmaa), jotka tarjoavat SeqWeb-käyttöliittymää laajemman ohjelmistovalikoiman. Tutkijan käyttöliittymän sekvenssianalyysiohjelmat löytyvät osoitteesta:
https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.fi
(Huomaa että Tutkijan käyttöliittymän salasana on sama kuin Cedarin salasanaa. Ei siis SeqWebin käyttämä verkkosalasana)
SeqWebin poistamisen yhteydessä siirrämme käyttäjän SeqWeb-hakemistosssa olevat tiedostot hänen kotihakemistoonsa. Tämän jälkeen tiedostoja voidaan käyttää sekä Tutkijan käyttöliittymän että EMBOSS:in komentoriviversion avulla.
- Komentorivikäyttö
Useille GCG:n komentorivikäyttäjille EMBOSS:iin siirtyminen ei tuota juurikaan ylimääräistä työtä. EMBOSS pystyy lukemaan gcg- ja msf muotoisia sekvenssitiedostoja ja ohjelmien käyttö muistuttaa paljolti GCG:n käyttöä. Ongelmia saattaa kuitenkin esiintyä esimerkiksi GCG:n Fragment Assembly-ohjelmien (mm. gelenter ja gelassemble) kohdalla, koska kaikki tulostiedostot eivät aina ole muutettavissa sopiviin formaatteihin.
EMBOSS alustetaan komennolla Cedarissa komennolla: use emboss
Lisätietoa EMBOSS:in komentorivikäytöstä löytyy sivulta: http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html
- SeqLab
Ainut GCG:n käyttötapa, johon EMBOSS ei tällä hetkellä tarjoa aivan yhtä hyvää vastiketta, on X-yhteyksien kautta käytettävä SeqLab-käyttöliittymä. SeqLabin käyttämät työlistat ja .rsf -tiedostot eivät suoraan käy EMBOSSiin, vaan ne pitää muuttaa msf-muotoisiksi tiedostoiksi SeqLabin File/Export-komennolla. SeqLab-käyttäjien kannattaa siis käydä läpi kotihakemistossaan olevat tiedostot ja tehdä tarvittavat muutokset.
Entä BLAST?
EMBOSS ei sisällä BLAST tai FASTA-ohjelmistoja. BLAST- ja muita samankaltaisuushakuja varten CSC:llä on käytössä uusi Gepardi-palvelin, jolla hakujen tekeminen on GCG:hen verrattuna sekä helpompaa että nopeampaa. (Katso: https://gepardi.csc.fi)
GCGn jälkeen
GCG:n poistamisen tavoitteena on kohdistaa kehitys- ja ylläpitotyötä EMBOSS-ohjelmistoon sekä Gepardi- ja SRS- palvelimiin, niin että jatkossa näistä työkaluista saadaan koottua entistä tehokkaampi ja käytettävämpi kokonaisuus.
Haluamme helpottaa asiakkaidemme siirtymistä uusien työkalujen käyttöön mahdollisimman paljon. Autamme mielellämme ohjelmien käytössä sähköpostitse ja puhelimitse ja järjestämme alkuvuodesta EMBOSSin käyttökurssin CSC:llä. Lisäksi EMBOSSia käsitellään CSC:n Bioperuskurseilla. Voimme myös vierailla ryhmässänne kertomassa EMBOSS:in, Gepardin ja SRS:n käytöstä.
Yhteistyöterveisin
CSC:n biopalvelut: http://www.csc.fi/molbio kimmo.mattila@csc.fi timo.kervinen@csc.fi eija.korpelainen@csc.fi minna.laine@csc.fi jarno.tuimala@csc.fi
Most frequently used GCG pargrams and their EMBOSS and other equivalences
assemble union bestfit matcher, water blast Blast (in Gepardi) fasta natve fasta fetch seqret, entret findpatterns fuzznuc, fuzzpro fromtrace abiview gap stretcher, needle gelassemble Staden package gelenter Staden package getseq newseq lineup mse lookup SRS-sever map remap, restrict mapsort retsrict names infoseq pileup clustalw, clustalx pretty cons, showalign prime eprimer3 reformat seqre reverse revseq seqed mse stringsearch SRS-server, textsearch translate transeq
Dear GCG user
The GCG sequence analysis package will be removed form the software selection of CSC. The negotiations with Accelrys Inc. are still under way, but it is possible that the GCG license will end already in the end of this year!
GCG and SeqWeb user interface has been one of the most used software packages at CSC for nearly for a decade. However, during last few years, the development of GCG has slowed down and the package is getting outdated.
In the same time EMBOS, whish is an academic sequence analysis toolkit, has been growing an developing rapidly. At the moment EMBOSS already covers nearly all functions of GCG and provides many tools that are not available in GCG. One of the big benefits of EMBOSS is that it is academic. Thus the license of EMBOSS allows users to use the software at CSC and install the program to local computes too.
How to move from GCG to EMBOSS
- SeqWeb and Scientist's interface
Scientist's interface, a web service that includes wide selection of sequence analysisi tools, will replace SeqWeb. After we will close down the SeqWeb server, all the sequence data in users' SeqWeb directory will be copied to users home directory, There it can be used both with EMBOSS in Scientists? interface and with command line EMBOSS. The www interface of EMBOSS is in url: https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/index.phtml.en
(Note that when you log in to Scientist's interface, you should use your password for Cedar, not the netpassword that is used with SeqWeb.)
- Command line usage
For those users, that use GCG in command line, EMBOSS should not cause too much problems. EMBOSS understands gcg and msf formats so users can use same sequence files with GCG and EMBOSS. In some cases, when input files are not plain sequence files, like Fragment Assembly programs, gelenter and gelasemble, the reformatting may not be possible.
To set up EMBOSS in cedar, give command: use emboss
More information about command line usage of EMBOSS can be found from: http://www.csc.fi/molbio/progs/emboss/emboss.html
- SeqLab
The SeqLab interface, that is used through X-term connections, is at the moment one of the few tools where EMBOSS does not offer an equally good equivalences. EMBOSS is not able to read .rsf-files and working lists, that are used in SeqLab, Because of that SeqLab users should convert all the dataset they need into msf-format with the File/Export command in SeqLab.
What about BLAST?
EMBOSS itself does not include any BLAST or FASTA applications. For BLAST and other similarity searches we recommend that you use the new Gepardi sequence search server. Running BLAST searches in Gepardi is normally both easier and faster than with GCG or SeqWeb. You can use Gepardi in URL https://gepardi.csc.fi
(Use same password as in the Scientist's interface)
Sequence analysis after GCG
As we quit supporting GCG we can better focus our support and development projects to tools like EMBOSS software or Gepardi and SRS servers. We this way we are able to achieve a more effective and user friendly sequence analysis tools in the future.
We want to encourage all our users to ask us, if you need any assistance when mowing from GCG to EMBOSS. You can contact us by email or phone. We can also visit in you lab and give you a short tutorial on how to use tools like EMBOSS, Gepardi and SRS.
Sincerely yours
The bioscience support team:
http://www.csc.fi/molbio timo.kervinen@csc.fi eija.korpelainen@csc.fi minna.laine@csc.fi kimmo.mattila@csc.fi jarno.tuimala@csc.fi
Kimmo Mattila, sovellusasiantuntija, Tiedetuki, CSC PL 405 02101 Espoo, puh 09 457 2708 , fax (09) 457 2302 CSC on tieteen tietotekniikan keskus, www.csc.fi, s-posti: kimmo.mattila@csc.fi
Kimmo Mattila, application scientist, Science Support, CSC P.O. Box 405 02101 Espoo, Finland, tel +358 9 4572708, fax +358 9 4572302 CSC is the Finnish IT Center for Science, www.csc.fi, e-mail: kimmo.mattila@csc.fi