Ihmisalkion kehityksen molekyylitason säätely
on viime vuosiin saakka ollut tavoittamattomissa. Menetelmien kehitys on kuitenkin avannut tämän kiinnostavan tutkimattoman alueen saavutettavaksi.
Tutkimusryhmämme saavutti läpimurron analysoimalla yhteensä yli 300:n yksittäisen ihmisen munasolun, tsygootin ja 2 ja 3 vrk ikäisistä alkioista eristämämme blastomeerin RNA-sekvensoinnin tulokset. Tutkimus paljasti alkion perimän vaiheittaisen käynnistymisen siten, että 4-soluvaiheessa aktivoituu 32 geeniä ja 8-soluvaiheessa 129 geeniä. Geeneistä seitsemän oli sellaisia, että niitä ei ole aiemmin löydetty ilmentyneenä missään soluissa tai kudoksessa. Nämä vain 1-2 vuorokautta toimivat geenit koodaavat uusia homeobox-perheen transkriptiofaktoreita (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26360614). [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/instance/4569847/bin/ncomms9207-f1....]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26360614
Novel PRD-like homeodomain transcription factors and retrotransposon elements in early human development. - PubMed - NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26360614 www.ncbi.nlm.nih.govhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov Nat Commun. 2015 Sep 11;6:8207. doi: 10.1038/ncomms9207. Research Support, Non-U.S. Gov't
Olemme nyt siirtyneet vaiheeseen, jossa tutkimme varhaisalkion geenien rakennetta ja toimintaa myös proteiinitasolla, kuten niiden yhteisvaikutuksia muiden transkriptiota säätelevien proteiinien kanssa. Käytämme mm. uusimpia proteomiikan menetelmiä (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29568061).
Haemme projektiin väitöskirjatutkijaa, jonka työn painopiste on proteomiikassa ja uusien transkriptiofaktoreiden toiminnan ja rakenteen tutkimisessa. Pohjakoulutukseksi sopii luonnontieteellisten alojen maisteritutkinto tai lääkärin tutkinto. Onnistuminen edellyttää kiinnostusta ja valmiuksia laboratoriotyöskentelyyn. Aiempi tutkimuskokemus on eduksi.
Väitöskirjatyötä ohjaavat yhdessä professori Juha Kere (Biomedicum) ja dos. Markku Varjosalo (Viikki). Ryhmämme toimivat yhteistyössä Karolinska Institutetin, HYKS:in ja Åbo Akademin kanssa.
Ilmoittautuminen kiinnostuneeksi ja kyselyt sähköpostilla (cc molemmille) 15.6.2018 mennessä: juha.kere@ki.semailto:juha.kere@ki.se, markku.varjosalo@helsinki.fimailto:markku.varjosalo@helsinki.fi