Lähetetty Samsung Galaxy -älypuhelimesta.

-------- Alkuperäinen viesti -------- Lähettäjä: Wiki wiki@oulu.fi Päivämäärä: 24.8.2017 12.20 (GMT+02:00) Saaja: Minna Vanhatalo Minna.Vanhatalo@oulu.fi Aihe: [Wiki] Biologian laitos > Mikroluokka TH107

[cid:avatar_40c88ade843eec937bce11de4f479ad3]https://wiki.oulu.fi/display/~rar?src=email Reijo Rasinkangas edited a page

[page icon]https://wiki.oulu.fi/display/biologia/Mikroluokka+TH107?src=email Mikroluokka TH107https://wiki.oulu.fi/display/biologia/Mikroluokka+TH107?src=email

[https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title Luokkien muutokset

HUOM: kaikkien luokkien tuki on siirtynyt mikrotilat@oulu.fimailto:mikrotilat@oulu.fi -palvelun alle. Lisäksi: nykyisen tiedon mukaan luokkatila säilyy käytössä syksyllä 2017, mutta koneet muuttuvat Koneet on muutettu (vdi)päätteiksi. Joitain koneita tullaan poistamaan luokasta kesän aikana, mutta päätteet asennetaan vasta elokuussa.

[https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title Varauksista

Luokan varaukset hoidetaan nykyisin Timmin kautta. Tämän takia koneisiin on lisätty mahdollisuus ajaa samaa etäpalvelua yliopiston VDI-luokkahuoneissa. Tämä antaa mahdollisuuden käyttää sellaisia ohjelmia joita ei ole asennettu biologian luokkana muuten toimivaan tilaan.

[https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title Koneista

Luokassa on 16 konetta + opettajan kone. Koneissa on Intel Core i7 870 (8 GB) ja 24" näytöt. Ne ovat student-toimialueessa ja ne on liitetty yliopiston yhteiseen tulostukseen.

Canonin tulostimia löytyy vastapäisestä Tietohallinnon mikroluokasta, ja yksi on läheisessä aulassa (L6:ta vastapäätä).

Student-koneisiin logataan pajun tunnuksella (tai univ\tunnus), joten muistitikkujen lisäksi koneilla voi käyttää pajun (tai univ'in) kotihakemistoa. Opettaja voi jakaa tiedostoja oppilaille kansion y:\yleiset\biologia-students\th107 avulla (täydellinen polku on \lipasto\yo-yhteiset$\yleiset\biologia-students\th107).

Esim. CSC-yhteyksiin tarvitaan ssh-ohjelmaa, ja koneessa on sekä PuTTY että WinSCP. Mutta parempi [https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info [https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title MobaXterm

title VDI virtuaaliympäristö

Käynnistämällä ohjelman VMware Horizon Client (työpöydältä tai Start > VMware -valikosta) saa - kaksoisklikkaamalla vdi.oulu.fi - käyttöönsä yliopiston palvelimella toimivia virtuaalikoneita:

* Mikrotilat. Tämä on sama Windows-asennus kuin yliopiston itseopiskelutyöasemissahttp://www.oulu.fi/th/tyoasemat tai monissa mikroluokissahttp://www.oulu.fi/th/mikroluokat. Mukana on biologian ohjelmista MEGA7 ja monia yleisiä ohjelmia kuten R, joten tätä kannattaa käyttää jos vastaa omaa tarvetta. Kovin paljon asennukseen ei voi lisätä vain yhden oppialan ohjelmia, jotta ohjelmalistasta ei tule liian sekavaa, mutta tärkeimpiä ohjelmia voi aina ehdottaa mukaan liitettäväksi. * Biologia. Tämä on samantyyppinen biologian ohjelmilla varustettu Windows-virtuaalikone kuin käytössä ollut, pöytäkoneessa toimiva (ja alla kuvattu), virtuaalikone, mutta nyt siis luotuna vdi-alustalle. Testatkaa tässä olevien ohjelmien toimivuutta! Toki perinteinen virtuaalikone pidetään ainakin jonkin aikaa varalla.

[https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title Vanheneva biologian virtuaalikone

Ohjelmat kuten MS Office ja Matlab ovat koneissa asennettuna normaaliiin tapaan. Kohdasta Start > All Programs > Virtuaalikoneet > biologia-win7-32 käynnistyy virtuaalikone, jossa ajetaan biologian ohjelmia. HUOM: virtuaalikoneelle luodut tiedostot pitää siirtää muualle ennen koneen sulkemista, koska mitään virtuaalikoneeseen tehtyjä muutoksia ei talleteta! Helpointa on siirtää tiedostoja hiirellä "retuuttamalla" virtuaalikoneen ja isäntäkoneen välillä. Testailkaa että osaatte tehdä tätä, jotta dataa ei häviä!

* Laittakaa muistitikku tietokoneeseen ennen kuin käynnistätte virtuaalikoneen. Kun kone on päällä, "retuuttakaa" tikulta (tai isäntäkoneen levyltä tai verkkolevyltä) tarvittavat tiedostot virtuaalikoneen työpöydälle, ja avatkaa ohjelmissa vain näitä jo virtuaalikoneella olevia tiedostoja. Em. kopiointi onnistuu vain kun virtuaalikoneen ikkunaa ei laajenna koko näytön suuruiseksi. * Virtuaalikoneen genemapper tunnistaa salasanan "salasana".

Verkosta tämä sivu löytyy biologian laitoksen wikistä https://wiki.oulu.fi/display/biologia (biologien kannattaa laittaa tuo Favourite Spaces -listalle). Kyselyt koneista ja niiden ohjelmista osoitteeseen lutek@oulu.fi.mailto:lutek@oulu.fi.

[https://wiki.oulu.fi/s/en_GB/5528/d86f1e458384da85f007b276ccfa37b0b9acccac.1...] Info title Matlabin toolboxeja

Matlabin toolboxit Population Genetics and Evolution TBhttp://www.bioinformatics.org/pgetoolbox ja Molecular Biology and Evolution TBhttp://bioinformatics.org/mbetoolbox on kopioitu koneisiin, ja edellisen pääohjelman saa käyntiin komennoilla

addpath 'C:\Software\MBEToolbox' addpath 'C:\Software\PGEToolbox' run PGEGUI

Jos rivit laittaa tekstitiedostoon startpge.m (tms.) ja käynnistää (F9) sen Matlabissa, pääsee kaikkein helpoimmalla. Matlabiin kuuluu automaattisesti myös Bioinformatics TBhttp://www.mathworks.se/products/bioinfo.

MobaXterm

Hyvä tapa hoitaa etäyhteyksiä on MobaXterm, jonka "portable editionhttp://mobaxterm.mobatek.net/download-home-edition.htmlin" (siis puretun kansion MobaXterm_Portable_v10.2 tms.) voi tallentaa TH:n kotihakemistoon (K:) ja käynnistää sieltä exe millä tahansa student- koneella , tai päätteellä johon kirjautuu (ei tarvitse siis tehdä asennusta). MobaXterm pitää sisällään ssh:n, scp:n ja X11-grafiikan, kaikki samassa paketissa.

* Kohdassa Settings > Configuration > MobaXterm passwords management voi käydä ruksaamassa valinnan "Never" kohdassa "Save sessions passwords". Yleensäkään salasanoja ei pidä tallentaa ohjelmiin. Yllä kuvatussa käyttötavassa talletetut salasanat sentään menevät kohtuullisen turvalliselle verkkolevylle, eivätkä jää työasemalle, kuten MobaXtermin normaalissa asennuksessa kävisi. Never-valinta on erityisen tärkeä jos ajaa ohjelmaa muistitikulta.

...

[View page-icon]https://wiki.oulu.fi/display/biologia/Mikroluokka+TH107?src=email View pagehttps://wiki.oulu.fi/display/biologia/Mikroluokka+TH107?src=email * [Like-icon]https://wiki.oulu.fi/plugins/likes/like.action?contentId=28105944&src=email Likehttps://wiki.oulu.fi/plugins/likes/like.action?contentId=28105944&src=email

Stop watching pagehttps://wiki.oulu.fi/users/removepagenotification.action?pageId=28105944&src=email * Manage notificationshttps://wiki.oulu.fi/users/editmyemailsettings.action?src=email

This message was sent by Atlassian Confluence 5.5.7