Genetics

genetics@lists.oulu.fi

653 discussions

Genetics seminar Aug 4
by Helmi Kuittinen 03 Aug '09

03 Aug '09

Hi all, We´ll have a genetics seminar tomorrow Aug 4, at 13.15 in PT302 Dr. Lorna Kennedy from University of Manchester talks about "MHC diversity in cats, dogs and wolves" Wellcome! Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061

1 0

Muistutus: Kesäkampanja loppuu 26.6.!
by Finland Office 15 Jun '09

15 Jun '09

KESÄ LÄHESTYY JA TAAS ON AIKA RIISUA HINTOJA!!! Tutustu huolella kampanjoihin ja tee tilauksesi vielä ennen kesälomia! Tarjoukset voimassa perjantaihin 26.6.2009 saakka, ellei toisin mainita. OPTISET MUOVIT Optiset 96- ja 384- PCR-levyt, kalvot ja stripit -50% alennuksella, kampanjakoodi GPQD000450 PCR-ENTSYYMIT Painitko haastavien PCR- tai sekvensointinäytteiden kanssa (esim. primer-dimereita muodostavat amplikonit, GC-/AT-rikkaat alueet)? Tilaa nyt UUDEN 360-tuoteperheen entsyymejä edullisesti kokeiltavaksi, kampanjakoodi GPQD000450 AmpliTaq® 360 DNA Polymerase, with 360 buffer, MgCl2 plus GC enhancer 1x250 units 4398818 52.50 eur AmpliTaq® 360 DNA Polymerase, with 360 buffer, MgCl2 plus GC enhancer 12x250 units 4398893 475.50 eur AmpliTaq Gold® 360 DNA Polymerase, with 360 buffer, MgCl2 plus GC enhancer 1x250 units 4398823 125.00 eur AmpliTaq Gold® 360 DNA Polymerase, with 360 buffer, MgCl2 plus GC enhancer 12x250 units 4398894 1173.00 eur AmpliTaq ja AmpliTaq Gold -entsyymit -65% alennuksella, kampanjakoodi GPQD000450 AmpliTaq- ja AmpliTaq Gold-entsyymeistä kaksi pakkauskokoa: 250 U ja 12 x 250 U. Kaikki puskurivaihtoehdot sisältyvät kampanjaan. Esim. AmpliTaq Gold 250 U: 61,25 eur ja 12 x 250 U: 548,45 eur (alv 0%). RNA- ja DNA ERISTYSKITIT RNAlater, TRI reagent, mirVana miRNA kitti, RecoverAll kitti, DNAZap ja RNAseZap -30 % alennuksella, kampanjakoodi GPQD000450 SEKVENSOINTIKITIT BigDye-kitit -33% alennuksella (3for2) 4337455 BigDye kitti v3.1, 100 rxn, kampanjakoodi 20570723 http://www.appliedbiosystems.com/promoHandler/?promo_id=20570723 4337450 BigDye kitti v1.1, 100 rxn, kampanjakoodi 20571357 http://www.appliedbiosystems.com/promoHandler/?promo_id=20571357 4337456 BigDye kitti v3.1, 1000 rxn, kampanjakoodi 20571358 http://www.appliedbiosystems.com/promoHandler/?promo_id=20571358 4337451 BigDye kitti v1.1, 1000 rxn, kampanjakoodi 20571359 http://www.appliedbiosystems.com/promoHandler/?promo_id=20571359 siRNA KIRJASTOT JA KONTROLLIT Valikoidut Silencer Select siRNA kirjastot ja kontrollit -25% alennuksella Katso tarkemmat tiedot osoitteesta: http://www3.appliedbiosystems.com/prod/SpecialOffers/index.htm?abhomepage=e… Alennukset lasketaan listahinnoista. Reagent Reward-kampanjassa (kampanjakoodi GPQD000450) ilmoitetut euromääräiset hinnat ovat jo alennettuja verottomia kampanjahintoja. Muita alennuksia ei oteta huomioon. VOIT KARTUTTAA PEHMOLELUKOKOELMAASI TILAAMALLA REAGENSSEJA YLI 500 EURON ARVOSTA! Kampanjassa valikoidut tuotteet ja pakkauskoot, lahjoja on rajoitettu määrä (kampanjakoodi GPQD000450). Käy rekisteröitymässä tilauksen teon jälkeen saadaksesi lahjan. Katso täydelliset kampanjatiedot osoitteesta ja rekisteröitymisohjeet: info.appliedbiosystems.eu.com/mouse Lisätietoja saatte asiakaspalvelusta numerosta 09 693 794 27. Jos et halua saada jatkossa tietoa kampanjoista sähköpostilla tai kollegasi haluaa saada tiedot, ilmoita se meille asiakaspalveluun finland.order(a)eur.appliedbiosystems.com. Kesäisin terveisin, Noora, Virpi, Marika ja Yolanda T +358 9 693 794 27 F +358 9 693 794 26 finland.order(a)eur.appliedbiosystems.com www.appliedbiosystems.com This communication is intended solely for the individual/entity to whom it is addressed. It may contain confidential or legally privileged information. Any unauthorized disclosure or copying is prohibited and may be unlawful. If you have received this communication in error, please notify the sender immediately and delete it from your system.

1 0

[BioClients] New course at CSC: Bioinformatics with large data-set (fwd)
by Minna Ruokonen 29 Apr '09

29 Apr '09

---------- Forwarded message ---------- Date: Wed, 29 Apr 2009 14:42:24 +0300 From: Ari-Matti Saren <Ari-Matti.Saren(a)csc.fi> To: "bioscience(a)postit.csc.fi" <bioscience(a)postit.csc.fi>, "bioclients(a)postit.csc.fi" <bioclients(a)postit.csc.fi> Subject: [BioClients] New course at CSC: Bioinformatics with large data-set Dear CSC Customer, CSC is offering a course: "Bioinformatics with large data-sets" on 14.5. 2009. Modern research methods in biosciences can rapidly produce very large data-sets. While the actual analysis methods typically do not change, the handling of large data-sets gives rise to new challenges and scalability issues. While it is, for example, quite feasible to do BLAST analysis for tens of thousands of sequences, it is not feasible to do it by cutting-and-pasting them one by one into a web form. The CSC computing resources are well suited to performing such large scale analysis. There can, however, be huge difference in the time and resources required depending how the analysis is set up. This course will offer an introduction on how to best utilize the CSC computing environment to move, store and analyze large data-sets. Examples used on the course will be mostly from sequence analysis, but the methods presented are easily adapted to any kind of computational analysis. The course is intended as on introduction to the subject. No previous familiarity with large scale computation is required, but basic familiarity with command line based systems (such as the CSC application servers) is helpful. Please visit the course homepages http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/biolargedata_may2009 for more information and registration! Also pass this message along to your colleagues or students who might be interested in the course. Best regards, Ari-Matti Saren -- Ari-Matti Saren, M.Sc., Application Specialist, Bioinformatics, CSC - IT Center for Science Ltd. P.O. BOX 405, FI-02101 Espoo, Finland +358 9 457 2282, ari-matti.saren(a)csc.fi<mailto:aari-matti.saren@csc.fi>

1 0

Genetics seminar May 4
by Helmi Kuittinen 23 Apr '09

23 Apr '09

<mailto:genetics@lists.oulu.fi;bioposti@lists.oulu.fi;bilsa@lists.oulu.fi> Hi everyone, The Genetics seminar by Komlan Avia was announced earlier to be on April 30, it has moved to a new day: Monday 4.5. (12-13, SÄ102) Dr. Komlan Avia University of Oulu "Diversity and QTL mapping for freezing tolerance in the model legume Medicago truncatula and candidate gene approach" Remember also the forthcoming Genetics seminar Thursday 28.5. (12-13 SÄ102) Dr. Rodrigo Esparza-Salas University of Oulu "Evolution of MHC genes of Estrildid finches through gene conversion and selection" Regards, Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061

1 0

Kahvit ja kuvien paljastus
by Esa Aalto 08 Apr '09

08 Apr '09

Hei kaikki geneetikot/Hi all geneticists Tervetuloa kahville tänään 11.30. Genetiikan uusi henkilöstötaulu avataan ja samalla juodaan pääsiäsisloman odotuskahvit. Welcome for coffee and pulla today at 11.30. We open the picture gallery in the hallway close to the genetics coffee room. Outi Savolainen (message delivered by Esa Aalto)

1 0

[BioClients] R/Bioconductor and Chipster courses at CSC (fwd)
by Minna Ruokonen 30 Mar '09

30 Mar '09

---------- Forwarded message ---------- Date: Mon, 30 Mar 2009 16:06:37 +0300 From: Eija Korpelainen <eija.korpelainen(a)csc.fi> To: bioclients(a)postit.csc.fi Subject: [BioClients] R/Bioconductor and Chipster courses at CSC Dear CSC bioinformatics user, Please note that the following courses on R/Bioconductor and Chipster are organized this spring at CSC. For more information and registration, please see http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/Courses_and_events/u… * 16.-17.4.2009 Microarray data analysis with Chipster * Chipster (http://chipster.csc.fi/) allows you to perform DNA microarray data analysis with R/Bioconductor and other tools through a graphical user interface. It supports Affymetrix, Illumina, Agilent, and cDNA platforms, including miRNA arrays and the new Illumina HT-12 arrays. Chipster offers a comprehensive collection of analysis and visualization tools, and it allows users to save and share automatic analysis workflows. Chipster is free of charge for university researchers. * 2.-5.6.2009 DNA expression microarray data analysis using R and Bioconductor * This hands-on course covers the analysis of DNA microarray expression data using the R and Bioconductor software. We start from the raw data and end up with a list of differentially expressed genes with some ideas on the pathways and biological processes that might have been active during the experiment. No previous familiarity with R is required, but it is beneficial to have some basic knowledge of DNA microarrays. Best regards, Eija Korpelainen _____________________________________________ Eija Korpelainen, Ph.D Application services / Bioinformatics CSC - Center for Scientific Computing P.O.Box 405, FIN-02101 Espoo, Finland Phone +358 9 457 2030 Mobile +358 50 381 9726 Fax +358 9 457 2302 E-Mail Eija.Korpelainen(a)csc.fi _____________________________________________

1 0

Xerox
by Minna Ruokonen 30 Mar '09

30 Mar '09

Dear all, I've switched off the Xerox copy machine and ordered the service, once again. Minna = = = = = = = = = = = = = = = = = = = Minna Ruokonen = = Department of Biology = = POB 3000 = = FIN-90014 University of Oulu = = FINLAND = = = = minna.ruokonen(at)oulu.fi = = +358-(0)8-553 1807 (office) = = +358-(0)8-553 1061 (fax) = = = = http://cc.oulu.fi/~mruokone/ = = http://www.flcrp.org/ = = = = = = = = = = = = = = = = = = =

1 0

Fwd: sekvensointi
by Hannele Parkkinen 24 Mar '09

24 Mar '09

Hei, tälläinen viesti tuli minulle. Ottakaa Marja-Leena Hellmaniin yhteyttä mikäli kiinnostusta asiaan löytyy. t.Hannele ----- Edelleenvälitetty viesti lähettäjältä Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi ----- Päiväys: Tue, 24 Mar 2009 10:56:18 +0200 Lähettäjä: Marja-Leena Hellman <Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi> Vastausosoite: Marja-Leena Hellman <Marja-Leena.Hellman(a)ordior.fi> Otsikko: sekvensointi Vastaanottaja: hannele.parkkinen(a)oulu.fi Hei, olin viime viikolla vierailulla Biologian laitoksella kasvitieteen puolella. Paikalla olivat Laura Jaakola ja Marko Suokas. Meillä on ollut keskustelua sekvensointireaktioiden puhdistamisesta ja robotiikan hyödyntämisestä tässä yhteydessä. Kuulin, että sinä vastaat perinnöllisyystieteen puolella sekvensoinnista. Laura uskoi teidän puolella olevan myös kiinnostusta aiheeseen. Reagenssit, joista olemme puhuneet, ovat Agencourtin (Beckman Coulterin omistama). Puhdistus tapahtuu magneettibeadien avulla. Beadit ovat hyvin pieniä, noin 1 um, jolloin sitomiskapasiteetti on suuri ja liuos pysyy myös tästä syystä homogeenisena, eikä sedimentoitumista tapahdu. Prosessi tapahtuu magneettileyillä, joissa muodostuu rengasmainen pelletti ja epäpuhtaudet voidaan helposti pipetoida kuopan pohjalta. Puhdistus tehdään samalla levyllä, jossa pcr reaktio ja tuotteet voidaan myös injektoida ABIlle tältä levyltä adapterin avulla. Menetelmä on erittäin tehokas ja sen avulla päästään alhaisiin BigDye konsentraatioihin. Tulokset ovat myös tasalaatuisia ja ja lukupituus hyvä. Nämä ovat varmasti tärkeita asioita sekvensointipalvelulle. Ohessa data sheet CleanSeq kitistä ja lisää infoa löytyy Agencourtin sivuilta www.agencourt.com <http://www.agencourt.com/> Toivottavasti sinulla olisi hetki aikaa tutustua tähän ja voitaisiin keskustella asiasta lisää. Ystävällisin terveisin Marja-Leena Hellman Marja-Leena Hellman Tuoteryhmäpäällikkö Ordior Oy Konalantie 47 A 00390 Helsinki Puh: 09 530 80014 Matkapuhelin: 040 537 6966 marja-leena.hellman(a)ordior.fi <mailto:marja-leena.hellman@ordior.fi> www.ordior.fi <http://www.ordior.fi/> ----- Välitetty viesti päättyy ----- Hei, olin viime viikolla vierailulla Biologian laitoksella kasvitieteen puolella. Paikalla olivat Laura Jaakola ja Marko Suokas. Meillä on ollut keskustelua sekvensointireaktioiden puhdistamisesta ja robotiikan hyödyntämisestä tässä yhteydessä. Kuulin, että sinä vastaat perinnöllisyystieteen puolella sekvensoinnista. Laura uskoi teidän puolella olevan myös kiinnostusta aiheeseen. Reagenssit, joista olemme puhuneet, ovat Agencourtin (Beckman Coulterin omistama). Puhdistus tapahtuu magneettibeadien avulla. Beadit ovat hyvin pieniä, noin 1 um, jolloin sitomiskapasiteetti on suuri ja liuos pysyy myös tästä syystä homogeenisena, eikä sedimentoitumista tapahdu. Prosessi tapahtuu magneettileyillä, joissa muodostuu rengasmainen pelletti ja epäpuhtaudet voidaan helposti pipetoida kuopan pohjalta. Puhdistus tehdään samalla levyllä, jossa pcr reaktio ja tuotteet voidaan myös injektoida ABIlle tältä levyltä adapterin avulla. Menetelmä on erittäin tehokas ja sen avulla päästään alhaisiin BigDye konsentraatioihin. Tulokset ovat myös tasalaatuisia ja ja lukupituus hyvä. Nämä ovat varmasti tärkeita asioita sekvensointipalvelulle. Ohessa data sheet CleanSeq kitistä ja lisää infoa löytyy Agencourtin sivuilta www.agencourt.com <http://www.agencourt.com/> Toivottavasti sinulla olisi hetki aikaa tutustua tähän ja voitaisiin keskustella asiasta lisää. Ystävällisin terveisin Marja-Leena Hellman Marja-Leena Hellman Tuoteryhmäpäällikkö Ordior Oy Konalantie 47 A 00390 Helsinki Puh: 09 530 80014 Matkapuhelin: 040 537 6966 marja-leena.hellman(a)ordior.fi <mailto:marja-leena.hellman@ordior.fi> www.ordior.fi <http://www.ordior.fi/>

1 0

Genetics seminar 19.3.
by Helmi Kuittinen 16 Mar '09

16 Mar '09

Hi all, We will have Genetics seminar on Thursday 19.3. 12-13 SÄ102 Dos. Mikko J. Sillanpää, Matematiikan ja tilastotieteen laitos, Helsingin Yliopisto "Association analysis and biomarker identification based on marker-expression-proteomics data." Mikko will talk mainly about his and his collegues work in Bhattacharjee, M., C. H. Botting, and M. J. Sillanpää (2008) Bayesian biomarker identification based on marker-expression-proteomics data. Genomics 92: 384-392. where they analyze chronic fatique syndrome data. This work has been commented in the link "CFIDS Association of America" http://www.cfids.org/cfidslink/2008/100803.asp <https://owa.oulu.fi/exchweb/bin/redir.asp?URL=http://www.cfids.org/cfidslin…> and in the link "CDC, U.S. Department of Health and Human Services" http://www.cdc.gov/cfs/publications/molecular_19.htm <https://owa.oulu.fi/exchweb/bin/redir.asp?URL=http://www.cdc.gov/cfs/public…> WELLCOME! __________________________________________________ We´ll have two other genetics seminars later this spring: 30.4. (12-13 SÄ102) Dr. Komlan Avia University of Oulu "Diversity and QTL mapping for freezing tolerance in the model legume Medicago truncatula and candidate gene approach" 28.5. (12-13 SÄ102) Dr. Rodrigo Esparza-Salas University of Oulu "Evolution of MHC genes of Estrildid finches through gene conversion and selection". Regards, Helmi Kuittinen Oulun yliopisto University of Oulu Biologian laitos Department of Biology PL 3000 P.O.Box 3000, 90014 University of Oulu 90014 Oulun yliopisto Finland email: Helmi.Kuittinen(a)oulu.fi tel. 358-(0)8-553 1788 fax 358-(0)8-553 1061

1 0

sisäilmakysely
by Outi Savolainen 13 Mar '09

13 Mar '09

Huom Geneetikot Jos ette vielä vastannneet sisäilmakyselyyn, VASTATKAA MIELELLÄÄN VÄLITTÖMÄSTI - ASIA ON TÄRKEÄ TERV. oUTI > >Sisäilmakysely on kariutumassa, koska vastauksia ei ole tullut riittävästi. >Vastausprosentin tulee olla vähintään 66%. Haluammehan realistisen kuvan >siitä, millaisena laitoksen työntekijät kokevat sisäilman laadun. Tämä on >meidän kaikkien etu. > >Alla olevasta näette kunkin yksikön vastausprosentin. Vetoan siis edelleen >niihin henkilöihin, jotka eivät vielä ole vastanneet sisäilmakyselyyn. Kyse >on vain muutamasta henkilöstä, joiden toimimista yhteiseksi hyväksi nyt >tarvitaan. > >Erityisesti Outi Savolaisen ja Jouni Aspin tulee patistaa omaa >henkilökuntaansa vastaamaan kyselyyn. Ei ole haitaksi, jos eläintieteenkin >vastausprosentti nousee yli 66. Voiko Markkukin hieman patistella? > >http://digiumenterprise.com/answer/?inv=12881209&chk=PDXTGHGQ > > >- Seppo Saarela - > >> EM > >> 14/22 64% > >> ET > >> 21/32 66% > >> PT > >> 22/37 59% > >> KS > >> 29/38 76% > >************************ > >Hyvä vastaanottaja, > >Oulun yliopiston toimeksiannosta Työterveyslaitos suorittaa työpaikallanne >sisäilmastokyselyn. Sisäilmastokysely on Ruotsin Örebrossa kehitetty >tutkimusmenetelmä, jolla voidaan selvittää rakennusten sisäilmasto- >ongelmien esiintymistä ja vakavuutta. Samalla saadaan tietoa ongelman >mahdollisista aiheuttajista. Työterveyslaitoksen sisäilmastokysely perustuu >Örebro-kyselylomakkeeseen. > >Tällä kyselyllä pyrimme saamaan esiin henkilökohtaiset kokemuksesi >työpaikkasi sisäilmastosta ja sinulla esiintyneistä vaivoista ja oireista. >Kyselyssä tarkastellaan tilannetta viimeisen 3 kuukauden aikana. Jos olet >ollut kyseisessä työpaikassa alle 3 kuukautta, et valitettavasti voi >osallistua tähän kyselyyn. > >Sisäilmastokyselyn vastaukset analysoidaan Työterveyslaitoksella. >Vastausten perusteella laaditaan yhteenveto taulukoina ja kuvina, ja >tulosten perusteella sisäilmastokysymyksiin perehtynyt lääkäri antaa >lausunnon tuloksista. Lomakkeet käsitellään luottamuksellisesti. >Yksittäiset vastaukset eivät tule esiin. > >Toivomme, että varaat aikaa kyselyn yhtäjaksoiseen vastaamiseen vaikka >lomakkeen täytön keskeyttäminen ja myöhemmin uudelleen jatkaminen onkin >mahdollista. Lomakkeeseen vastaaminen vie aikaa 5-10 minuuttia. > >Vastaathan kyselyyn mahdollisimman pian, viimeistään 21.02.2009. > > >Vastaa kyselyyn klikkaamalla linkkiä: > >http://digiumenterprise.com/answer/?inv=12881209&chk=PDXTGHGQ > >Jos linkki ei aukea klikkaamalla, kopioi se selaimen osoiteriville hiiren >avulla. Linkki on henkilökohtainen, joten sitä ei voi jakaa muille. >Tutkimukseen voi vastata vain kerran. > >Lisätietoja antavat erityisasiantuntija Pauliina Virtema (p. 030 - 474 >8672, pauliina.virtema(a)ttl.fi) ja ylilääkäri Jukka Uitti (p. 030 - 474 >8655, jukka.uitti(a)ttl.fi ). > > > >KIITOS VASTAUKSESTASI! _______________________________________________ Biolaitos mailing list Biolaitos(a)lists.oulu.fi http://lists.oulu.fi/mailman/listinfo/biolaitos

1 0

← Newer
1
...
19
20
21
22
23
24
25
...
66
Older →

Jump to page:

2026

2025

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

Genetics